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万見
- PDB-2khh: Structural requirements for the UBA domain of the mRNA export fac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2khh
タイトルStructural requirements for the UBA domain of the mRNA export factor Mex67 to bind its specific targets, the transcription elongation Tho complex component Hpr1 and nucleoporin FxFG repeats
要素
  • FxFG
  • mRNA export factor MEX67
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Mex67 / UBA / FxFG / mRNA Export / Cytoplasm / Leucine-rich repeat / mRNA transport / Nucleus / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear RNA export factor complex / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA export from nucleus / U4 snRNA binding / tRNA processing / poly(A)+ mRNA export from nucleus / porin activity / ribosomal large subunit export from nucleus / U5 snRNA binding ...nuclear RNA export factor complex / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA export from nucleus / U4 snRNA binding / tRNA processing / poly(A)+ mRNA export from nucleus / porin activity / ribosomal large subunit export from nucleus / U5 snRNA binding / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / nuclear pore / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / tRNA binding / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mex67, RNA recognition motif / RNA recognition motif / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote ...Mex67, RNA recognition motif / RNA recognition motif / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / NXF1/2/3/5 leucine-rich repeat domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA-like superfamily / NTF2-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA export factor MEX67
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Hobeika, M. / Brockmann, C. / Gruessing, F. / Neuhaus, D. / Divita, G. / Stewart, M. / Dargemont, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural requirements for the ubiquitin-associated domain of the mRNA export factor Mex67 to bind its specific targets, the transcription elongation THO complex component Hpr1 and nucleoporin FXFG repeats
著者: Hobeika, M. / Brockmann, C. / Gruessing, F. / Neuhaus, D. / Divita, G. / Stewart, M. / Dargemont, C.
履歴
登録2009年4月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA export factor MEX67
B: FxFG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7552
ポリマ－7,7552
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 mRNA export factor MEX67


分子量: 6822.732 Da / 分子数: 1 / 断片: TAP-C domain, UNP residues 542-599 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MEX67 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99257
#2: タンパク質・ペプチド FxFG


分子量: 931.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HBHA(CO)NH
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D (H)CCH-COSY
1813D 1H-13C NOESY
1913D 1H-15N NOESY
11022D 1H-1H TOCSY
11122D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Mex67-1, 5 mM FxFG-2, 25 mM sodium phosphate-3, 50 mM sodium chloride-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
25 mM FxFG-5, 25 mM sodium phosphate-6, 50 mM sodium chloride-7, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMMex67-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
5 mMFxFG-21
25 mMsodium phosphate-31
50 mMsodium chloride-41
5 mMFxFG-52
25 mMsodium phosphate-62
50 mMsodium chloride-72
試料状態pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.6Bruker Biospincollection
XwinNMR3.6Bruker Biospin解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CCPNMR1.0.18CCPNchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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