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万見
- PDB-2khf: Plantaricin J in DPC-micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2khf
タイトルPlantaricin J in DPC-micelles
要素PlnJ
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Anti-microbial / Bacteriocin / Two-peptide
機能・相同性Bacteriocin
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Rogne, P. / Haugen, C. / Kristiansen, P.E. / Nissen-Meyer, J.
引用ジャーナル: Peptides / 年: 2009
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Two-Peptide Bacteriocin Plantaricin JK.
著者: Rogne, P. / Haugen, C. / Fimland, G. / Nissen-Meyer, J. / Kristiansen, P.E.
履歴
登録2009年4月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PlnJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,9351
ポリマ－2,9351
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PlnJ / Bacteriocin PlnJ / Bacteriocin peptide PlnJ


分子量: 2935.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
遺伝子: plnJ, lp_0406 / プラスミド: PGEV2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71461

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: PlnJ peptide of the two-peptide bacteriocin plantaricin JK
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H COSY
1412D DQF-COSY
1512D 1H-1H TOCSY
1612D 1H-1H NOESY
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-15N TOCSY
1913D HNHA
11022D 1H-15N HSQC
11122D 1H-13C HSQC
11222D 1H-1H COSY
11322D DQF-COSY
11422D 1H-1H TOCSY
11522D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-95% 15N] PlnJ-1, 100 mM [U-99% 2H] DPC-2, 0.2 mM DSS-3, 10 % [U-2H] D2O-4, 0.1 % TFA-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM PlnJ-6, 170 mM [U-99% 2H] DPC-7, 0.1 % TFA-8, 0.2 mM DSS-9, 10 % [U-2H] D2O-10, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMPlnJ-1[U-95% 15N]1
100 mMDPC-2[U-99% 2H]1
0.2 mMDSS-31
10 %D2O-4[U-2H]1
0.1 %TFA-51
1 mMPlnJ-62
170 mMDPC-7[U-99% 2H]2
0.1 %TFA-82
0.2 mMDSS-92
10 %D2O-10[U-2H]2
試料状態pH: 2.5 / 圧: ambient / 温度: 297 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ACMEDelaglio, Zhengrong and Baxデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
MOLMOL2k2Koradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 386 / NOE intraresidue total count: 131 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 130 / NOE sequential total count: 125 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 34 / Protein psi angle constraints total count: 16
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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