PDB-2kh4: Aflatoxin Formamidopyrimidine alpha anomer in single strand DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kh4

タイトル

Aflatoxin Formamidopyrimidine alpha anomer in single strand DNA

要素

5'-D(*CP*TP*(FAG)P*A)-3'

キーワード

DNA / Aflatoxin / Formamidopyrimidine / alpha anomer

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model details

closest to the average, model 1

データ登録者

Brown, K.L.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Structural perturbations induced by the alpha-anomer of the aflatoxin B(1) formamidopyrimidine adduct in duplex and single-strand DNA
著者: Brown, K.L. / Voehler, M.W. / Magee, S.M. / Harris, C.M. / Harris, T.M. / Stone, M.P.

履歴

登録	2009年3月24日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_conn Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kh4.cif.gz	30.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kh4.ent.gz	19.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kh4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2kh4_validation.pdf.gz	317.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2kh4_full_validation.pdf.gz	328.4 KB	表示
XML形式データ	2kh4_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	2kh4_validation.cif.gz	7.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/2kh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/2kh4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2kh3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ifi-d 1i6y-d 2bao-d 1im1-d 1im1-1 2bau-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 16223

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*CP*TP*(FAG)P*A)-3'

1.54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	8 / 8	back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: DNA鎖	5'-D(CPTP(FAG)PA)-3' 分子量: 1537.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H COSY
1	3	2	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.4 mM (5'-D(DCPDTP(FAG)PDA)-3')-1, 100% D2O	100% D2O
2	0.4 mM (5'-D(DCPDTP(FAG)PDA)-3')-2, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
0.4 mM	5'-D(DCPDTP(FAG)PDA)-3'-1	1
0.4 mM	5'-D(DCPDTP(FAG)PDA)-3'-2	2

試料状態

イオン強度: 0.1 / pH: 8.7 / 圧: ambient / 温度: 278 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Advance / 製造業者: Bruker / モデル: Advance / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Amber	9	Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm	精密化
Sparky		Goddard	chemical shift assignment
Sparky		Goddard	データ解析
TopSpin		Bruker Biospin	解析
MARDIGRAS		Borgias, B.A. & James, T.L.	restraint generation
CORMA		James T.L.	structure validation
Curves		Lavery, R. and Sklenar, H	データ解析

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 8 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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