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万見
- PDB-2kh1: 2-Hydroxy-7-nitrofluorene covalently linked into a 13mer DNA dupl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kh1
タイトル2-Hydroxy-7-nitrofluorene covalently linked into a 13mer DNA duplex - solution structure of the face-up orientation
要素
  • 5'-D(*CP*GP*AP*CP*GP*TP*(3DR)P*TP*GP*CP*AP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*AP*(3DR)P*AP*CP*GP*TP*CP*G)-3'
キーワードDNA / solution structure / base pair mimic / conformational flexibility
機能・相同性7-nitro-9H-fluoren-2-ol / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailsminimized average, model 1
データ登録者Dallmann, A. / Pfaffe, M. / Muegge, C. / Mahrwald, R. / Kovalenko, S.A. / Ernsting, N.P.
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2009
タイトル: Local THz Time Domain Spectroscopy of Duplex DNA via Fluorescence of an Embedded Probe.
著者: Dallmann, A. / Pfaffe, M. / Mahrwald, R. / Kovalenko, S.A. / Ernsting, N.P.
履歴
登録2009年3月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*AP*(3DR)P*AP*CP*GP*TP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*AP*CP*GP*TP*(3DR)P*TP*GP*CP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9143
ポリマ－7,6872
非ポリマー2271
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*AP*(3DR)P*AP*CP*GP*TP*CP*G)-3'


分子量: 3843.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*AP*CP*GP*TP*(3DR)P*TP*GP*CP*AP*GP*C)-3'


分子量: 3843.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-HNF / 7-nitro-9H-fluoren-2-ol / 2-hydroxy-7-nitrofluorene


分子量: 227.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H9NO3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-1H COSY
1222D 1H-1H NOESY
1332D 1H-1H NOESY
1422D 1H-13C HSQC
1522D 1H-13C HSQC decoupled
1612D 1H-13C HSQC decoupled
1722D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13 mM Strand I-1, 3 mM Strand II-2, 20 mg/mL Pf1 phage-3, 10 mM sodium phosphate-4, 150 mM sodium chloride-5, 100% D2O100% D2O
23 mM Strand I-6, 3 mM Strand II-7, 10 mM sodium phosphate-8, 150 mM sodium chloride-9, 100% D2O100% D2O
33 mM Strand I-10, 3 mM Strand II-11, 10 mM sodium phosphate-12, 150 mM sodium chloride-13, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
3 mMStrand I-11
3 mMStrand II-21
20 mg/mLPf1 phage-31
10 mMsodium phosphate-41
150 mMsodium chloride-51
3 mMStrand I-62
3 mMStrand II-72
10 mMsodium phosphate-82
150 mMsodium chloride-92
3 mMStrand I-103
3 mMStrand II-113
10 mMsodium phosphate-123
150 mMsodium chloride-133
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Gifa4Delsucデータ解析
X-PLOR NIH2.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
X-PLOR NIH2.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CARA1.8.4Rochus T. Kellerデータ解析
CARA1.8.4Rochus T. Kellerpeak picking
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 401
代表構造選択基準: minimized average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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