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万見
- PDB-2kgs: Solution structure of the amino-terminal domain of OmpATb, a pore... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kgs
タイトルSolution structure of the amino-terminal domain of OmpATb, a pore forming protein from Mycobacterium tuberculosis
要素Uncharacterized protein Rv0899/MT0922
キーワードMEMBRANE PROTEIN / outer membrane protein A / Mycobacterium tuberculosis / BON Domain / Cell membrane / Membrane / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host pH environment / ammonium transmembrane transport / peptidoglycan binding / cell wall / response to acidic pH / porin activity / plasma membrane => GO:0005886 / monoatomic ion transport / peptidoglycan-based cell wall / cell outer membrane ...response to host pH environment / ammonium transmembrane transport / peptidoglycan binding / cell wall / response to acidic pH / porin activity / plasma membrane => GO:0005886 / monoatomic ion transport / peptidoglycan-based cell wall / cell outer membrane / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
hypothetical protein tt1634 - #20 / hypothetical protein tt1634 / BON domain / BON domain / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Outer membrane protein, bacterial / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain ...hypothetical protein tt1634 - #20 / hypothetical protein tt1634 / BON domain / BON domain / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Outer membrane protein, bacterial / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan-binding protein ArfA / Peptidoglycan-binding protein ArfA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, minimization
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Yang, Y. / Auguin, D. / Delbecq, S. / Dumas, E. / Molle, V. / Saint, N.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Structure of the Mycobacterium tuberculosis OmpATb protein: A model of an oligomeric channel in the mycobacterial cell wall
著者: Yang, Y. / Auguin, D. / Delbecq, S. / Dumas, E. / Molle, G. / Molle, V. / Roumestand, C. / Saint, N.
履歴
登録2009年3月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Rv0899/MT0922


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6131
ポリマ－13,6131
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Rv0899/MT0922 / OmpATb / outer membrane protein A OMPA


分子量: 13613.350 Da / 分子数: 1 / 断片: 13.6kDa amino-terminal fragment, residues 73-204 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv0899, MT0922, MTCY31.27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)omp8 / 参照: UniProt: P65593, UniProt: P9WIU5*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-15N HSQC
1313D 1H-15N NOESY
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D CBCA(CO)NH
1713D 1H-13C NOESY
1812D 1H-15N HSQC
2912D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 50 mM sodium phosphate-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 50 mM / 構成要素: sodium phosphate-1
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100 6 ambient 300 K
2100 ambient 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
GifaDelsuc解析
XwinNMRBruker Biospincollection
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, minimization
ソフトェア番号: 1 / 詳細: Cyana, Amber
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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