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万見
- PDB-2kgo: Solution NMR structure of Zn finger protein YBIL from Escherichia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kgo
タイトルSolution NMR structure of Zn finger protein YBIL from Escherichia coli. NESG target ET107, OCSP target EC0402
要素Uncharacterized protein ybiI
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Zn finger / partially disordered / structural proteomics / Metal-binding / Zinc-finger / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP
機能・相同性Zinc finger, DksA/TraR C4-type conserved site / Zinc finger, DksA/TraR C4-type, bacteria / Prokaryotic dksA C4-type zinc finger. / positive regulation of secondary metabolite biosynthetic process / Zinc finger, DksA/TraR C4-type / Prokaryotic dksA/traR C4-type zinc finger / Prokaryotic dksA C4-type zinc finger profiles. / zinc ion binding / Uncharacterized protein YbiI
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Gutmanas, A. / Yee, A. / Lemak, A. / Fares, C. / Guido, V. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Zn-finger protein YBIL from E. coli
著者: Gutmanas, A. / Yee, A. / Lemak, A. / Fares, C. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2009年3月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein ybiI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0062
ポリマ－11,9401
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein ybiI


分子量: 11940.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0803, JW0788, ybiI, ybil / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P41039
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-13C CT-HSQC
1413D CBCA(CO)NH
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D C(CO)NH TOCSY
1813D HBHA(CO)NH
1913D H(CCO)NH TOCSY
11013D H(C)CH-TOCSY aliphatic
11113D (H)CCH-TOCSY aliphatic
11213D 15N-NOESY-HSQC
11313D 13C-NOESY-HSQC aliphatic
11413D 13C-NOESY-HSQC aromatic
11513D H(C)CH-TOCSY aromatic
11612D 1H-15N HSQC long range
11712D (HB)CB(CGCD)HD
11812D (HB)CB(CGCDCE)HE
NMR実験の詳細Text: 1. THE 3 NOESY AND 3 HCCH-TYPE TOCSY SPECTRA WERE COLLECTED WITH NON-UNIFORM (NON-LINEAR) SAMPLING AND PROCESSED WITH MDDNMR SOFTWARE. 2. RESIDUES 54-90 FORM A GLOBULAR ZN2+ BINDING MODULE. 3. ...Text: 1. THE 3 NOESY AND 3 HCCH-TYPE TOCSY SPECTRA WERE COLLECTED WITH NON-UNIFORM (NON-LINEAR) SAMPLING AND PROCESSED WITH MDDNMR SOFTWARE. 2. RESIDUES 54-90 FORM A GLOBULAR ZN2+ BINDING MODULE. 3. RESIDUES 1-27, 48-53 AND 91-108 ARE DISORDERED, AS JUDGED BY LACK OF LONG- AND MEDIUM- RANGE NOES AND RANDOM COIL INDEX AND CHEMICAL SHIFT INDEX PREDICTIONS. 4. HELIX 2 (RESIDUES 37-47), WHILE NOT PART OF THE GLOBULAR DOMAIN, IS SUPPORTED BY BOTH NOE AND CHEMICAL SHIFT DATA (RANDOM COIL INDEX, CHEMICAL SHIFT INDEX, TALOS). 5. RESIDUES 28-36 (HELIX 1) APPEAR TO FORM A NASCENT HELIX WITH SOME MEDIUM RANGE NOES, BUT CHEMICAL SHIFT DATA (RANDOM COIL INDEX, CHEMICAL SHIFT INDEX) SUGGEST IT MAY NOT BE A STABLE HELIX.

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試料調製

詳細内容: 0.7-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein YBIL-1, 10 uM Zn sulfate-2, 10 mM [U-2H] DTT-3, 10 mM [U-2H] TRIS-4, 300 mM sodium chloride-5, 0.01 % sodium azide-6, 1 mM benzamidine-7, 1 mM Roche ...内容: 0.7-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein YBIL-1, 10 uM Zn sulfate-2, 10 mM [U-2H] DTT-3, 10 mM [U-2H] TRIS-4, 300 mM sodium chloride-5, 0.01 % sodium azide-6, 1 mM benzamidine-7, 1 mM Roche inhibitor-8, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMprotein YBIL-1[U-100% 13C; U-100% 15N]0.7-11
10 uMZn sulfate-21
10 mMDTT-3[U-2H]1
10 mMTRIS-4[U-2H]1
300 mMsodium chloride-51
0.01 %sodium azide-61
1 mMbenzamidine-71
1 mMRoche inhibitor-81
試料状態イオン強度: 0.300 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ABACUSA. Lemakchemical shift assignment
ABACUSA. Lemakデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
Analysis2.06CCPNデータ解析
Analysis2.06CCPNpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
MddNMRV. Orekhov, I. Ibraghimov解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: water bath
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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