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万見
- PDB-2kg8: NMR Solution Structures of malonyl ACP from the actinorhodin poly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kg8
タイトルNMR Solution Structures of malonyl ACP from the actinorhodin polyketide synthase in Streptomyces coelicolor
要素Actinorhodin polyketide synthase acyl carrier protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / ACP / Malonyl / Polyketide / Actinorhodin / Antibiotic biosynthesis / Phosphopantetheine
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SXM / Actinorhodin polyketide synthase acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Crump, M.P. / Evans, S.E. / Williams, C. / Eliza, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Probing the Interactions of Early Polyketide Intermediates with the Actinorhodin ACP from S. coelicolor A3(2).
著者: Evans, S.E. / Williams, C. / Arthur, C.J. / Ploskon, E. / Wattana-Amorn, P. / Cox, R.J. / Crosby, J. / Willis, C.L. / Simpson, T.J. / Crump, M.P.
履歴
登録2009年3月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actinorhodin polyketide synthase acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6842
ポリマ－9,2391
非ポリマー4441
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Actinorhodin polyketide synthase acyl carrier protein / ACP / actI ORF3


分子量: 9239.177 Da / 分子数: 1 / 変異: C17S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2) / 遺伝子: SCO5089, SCBAC28G1.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q02054
#2: 化合物 ChemComp-SXM / 3-{[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl]sulfanyl}-3-oxopropanoic acid / THIOMALONIC ACID S-{2-[3-(2-HYDROXY-3,3-DIMETHYL-4-PHOSPHONOOXY-BUTYRYLAMINO)-PROPIONYLAMINO]-ETHYL} ESTER


分子量: 444.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25N2O10PS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Ensemble of 20 structures of malonylated act ACP. Malonyl ACP was synthesized using Malonyl CoA (12C,14N) and holosynthase to load the acylated 4'phosphopantetheine chain onto the ACP.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D C(CO)NH
1413D HNCO
1513D H(CCO)NH
1613D 1H-13C NOESY
1713D 1H-15N NOESY
1813D HNHA
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D HN(CA)CB
11112D 13C,15N filtered NOESY
11212D 13C,15N filtered TOCSY
11312D F2-13C filtered NOESY

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試料調製

詳細内容: 1-2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] ACP-1, 20 mM potassium phosphate-2, 1 mM sodium azide-3, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMACP-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1-21
20 mMpotassium phosphate-21
1 mMsodium azide-31
試料状態pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Analysis_(CCPN)1Rasmus H. Fogh, Wim F. Vranken, Wayne Boucher, Tim J. Stevens and Ernest D. Lauechemical shift assignment
Analysis_(CCPN)1Rasmus H. Fogh, Wim F. Vranken, Wayne Boucher, Tim J. Stevens and Ernest D. Lauepeak picking
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: ALL STRUCTURE CALCULATIONS WERE CARRIED OUT USING THE AMBIGUOUS RESTRAINTS FOR ITERATIVE ASSIGNMENT OF NOES (ARIA) PROTOCOL VERSION 1.2. THE 20 BEST STRUCTURES (SORTED ACCORDING TO TOTAL ...詳細: ALL STRUCTURE CALCULATIONS WERE CARRIED OUT USING THE AMBIGUOUS RESTRAINTS FOR ITERATIVE ASSIGNMENT OF NOES (ARIA) PROTOCOL VERSION 1.2. THE 20 BEST STRUCTURES (SORTED ACCORDING TO TOTAL ENERGY) WERE SELECTED FOR WATER REFINEMENT. WATER REFINED STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SLIGHTLY MODIFIED REFINEMENT SCRIPT APPLIED TO THE RECOORD DATABASE. PROCHECK AND WHATCHECK AND QUALITY INDICATORS WERE COMPARED TO THE AVERAGE VALUES FOR THE RECOORD DATABASE OF PROTEIN NMR STRUCTURES.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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