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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kfz | ||||||
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タイトル | KLENOW FRAGMENT WITH BRIDGING-SULFUR SUBSTRATE AND ZINC ONLY | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / POLYMERASE (EXONUCLEASE)-DNA COMPLEX / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() 5'-3' exonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair ...5'-3' exonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brautigam, C.A. / Sun, S. / Piccirilli, J.A. / Steitz, T.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of normal single-stranded DNA and deoxyribo-3'-S-phosphorothiolates bound to the 3'-5' exonucleolytic active site of DNA polymerase I from Escherichia coli. 著者: Brautigam, C.A. / Sun, S. / Piccirilli, J.A. / Steitz, T.A. #1: ![]() タイトル: Structural Principles for the Inhibition of the 3'-5' Exonuclease Activity of Escherichia Coli DNA Polymerase I by Phosphorothioates 著者: Brautigam, C.A. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 145 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 109.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2130.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 68193.750 Da / 分子数: 1 / Fragment: LARGE FRAGMENT, KLENOW FRAGMENT / Mutation: V324M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | ATOM O3* OF RESIDUE 1006B HAS BEEN REPLACED BY THE HETEROATOM | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % 解説: STRUCTURE WAS SOLVED USING IN-HOUSE HIGH-RESOLUTION STRUCTURE | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.8 / 詳細: 1.4 M NA CITRATE PH 5.8 | |||||||||||||||
溶液の組成 | 名称: SODIUM CITRATE | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Brick, P., (1983) J. Mol. Biol., 166, 453. | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1997年6月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→20 Å / Num. obs: 59988 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.332 / % possible all: 97.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 422599 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.332 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: RIGID-BODY REFINEMENT / 解像度: 2.03→20 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: BULK-SOLVENT CORRECTION WAS USED TO EXTEND LOW-RES. LIMIT TO 20 ANGSTROMS ONLY LAST THREE NUCLEOTIDES OF NUCLEIC ACID COULD BE MODELED INTO ELECTRON DENSITY. ALTHOUGH MG2+ WAS SOAKED INTO ...詳細: BULK-SOLVENT CORRECTION WAS USED TO EXTEND LOW-RES. LIMIT TO 20 ANGSTROMS ONLY LAST THREE NUCLEOTIDES OF NUCLEIC ACID COULD BE MODELED INTO ELECTRON DENSITY. ALTHOUGH MG2+ WAS SOAKED INTO THESE CRYSTALS, IT COULD NOT BE LOCATED AT THE ACTIVE SITE.
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.03→2.05 Å / Total num. of bins used: 30
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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