[日本語] English
万見
- PDB-2kes: Solution Structure of the Coiled-coil Domain of Synphilin-1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kes
タイトルSolution Structure of the Coiled-coil Domain of Synphilin-1
要素Synphilin-1
キーワードPROTEIN BINDING / Synphillin / coiled-coil / ANK repeat / Disease mutation / Parkinson disease / Phosphoprotein / Polymorphism / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of inclusion body assembly / protein metabolic process => GO:0019538 / cell death / regulation of neurotransmitter secretion / dopamine metabolic process / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / synaptic vesicle / presynaptic membrane / Amyloid fiber formation / neuronal cell body ...regulation of inclusion body assembly / protein metabolic process => GO:0019538 / cell death / regulation of neurotransmitter secretion / dopamine metabolic process / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / synaptic vesicle / presynaptic membrane / Amyloid fiber formation / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #750 / Synphilin-1, alpha-Synuclein-binding domain / Synphilin-1 / Synphilin-1 alpha-Synuclein-binding domain / Domain of unknown function DUF3447 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #750 / Synphilin-1, alpha-Synuclein-binding domain / Synphilin-1 / Synphilin-1 alpha-Synuclein-binding domain / Domain of unknown function DUF3447 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Xie, Y.Y. / Zhou, C.J. / Zhou, Z.R. / Hu, H.Y.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2010
タイトル: Interaction with synphilin-1 promotes inclusion formation of alpha-synuclein: mechanistic insights and pathological implication.
著者: Xie, Y.Y. / Zhou, C.J. / Zhou, Z.R. / Hong, J. / Che, M.X. / Fu, Q.S. / Song, A.X. / Lin, D.H. / Hu, H.Y.
履歴
登録2009年2月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Synphilin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3711
ポリマ－5,3711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Synphilin-1 / Alpha-synuclein-interacting protein


分子量: 5371.143 Da / 分子数: 1 / 断片: Coiled-coil Domain, residues 512-557 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNCAIP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6H5

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HNHA
1323D 1H-15N NOESY
1433D HN(CA)CB
1533D CBCA(CO)NH
1633D HBHA(CO)NH
1733D HNCO
1833D (H)CCH-TOCSY
1933D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2mM [U-15N] Synphilin-1, 20mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM [U-100% 15N] Synphilin-1, 20mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31mM [U-13C; U-15N] Synphilin-1, 20mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMSynphilin-1[U-15N]1
20 mMsodium phosphate1
50 mMsodium chloride1
1 mMSynphilin-1[U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate2
50 mMsodium chloride2
1 mMSynphilin-1[U-13C; U-15N]3
20 mMsodium phosphate3
50 mMsodium chloride3
試料状態pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 565 / NOE intraresidue total count: 308 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 107 / NOE sequential total count: 150
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / 代表コンフォーマー: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る