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- PDB-2keq: Solution structure of DnaE intein from Nostoc punctiforme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2keq
タイトルSolution structure of DnaE intein from Nostoc punctiforme
要素DNA polymerase III alpha subunit, Nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type
キーワードSPLICING / Intein / DnaE intein / Protein splicing / Protein trans splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


intein-mediated protein splicing / 3'-5' exonuclease activity / helicase activity / DNA-directed DNA polymerase / nucleic acid binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain ...Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase III, alpha subunit / Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc punctiforme PCC 73102 (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Oeemig, J.S. / Aranko, A.S. / Djupsj, J.B. / Iwai, H.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2009
タイトル: Solution structure of DnaE intein from Nostoc punctiforme: structural basis for the design of a new split intein suitable for site-specific chemical modification.
著者: Oeemig, J.S. / Aranko, A.S. / Djupsjobacka, J. / Heinamaki, K. / Iwai, H.
履歴
登録2009年2月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III alpha subunit, Nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9331
ポリマ－15,9331
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase III alpha subunit, Nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type


分子量: 15932.979 Da / 分子数: 1 / 変異: C1A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FUSION PROTEIN OF N-INTEIN PART FROM DNA POLYMERASE III ALPHA SUBUNIT (RESIDUES 1-102) AND C-INTEIN PART FROM NUCLEIC ACID BINDING OB-FOLD, TRNA/HELICASE-TYPE (RESIDUES 103-137)
由来: (組換発現) Nostoc punctiforme PCC 73102 (バクテリア)
遺伝子: DnaE, Npun_F4872 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: B2J066, UniProt: B2J821
配列の詳細FUSION PROTEIN OF N-INTEIN PART FROM DNA POLYMERASE III ALPHA SUBUNIT (RESIDUES 1-102) AND C-INTEIN ...FUSION PROTEIN OF N-INTEIN PART FROM DNA POLYMERASE III ALPHA SUBUNIT (RESIDUES 1-102) AND C-INTEIN PART FROM NUCLEIC ACID BINDING OB-FOLD, TRNA/HELICASE-TYPE (RESIDUES 103-137)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY
NMR実験の詳細Text: 3D 1H-15N NOESY and 3D 1H-13C NOESY spectra were recorded with a mixing time of 80 and 70 msec, respectively.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] NpuDnaE-1, 10 mM sodium phosphate-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM [U-20% 13C; U-99% 15N] NpuDnaE-3, 10 mM sodium phosphate-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMNpuDnaE-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mMsodium phosphate-21
2 mMNpuDnaE-3[U-20% 13C; U-99% 15N]2
10 mMsodium phosphate-42
試料状態イオン強度: 0.01 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, Kollm精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3154 / NOE intraresidue total count: 712 / NOE long range total count: 1223 / NOE medium range total count: 433 / NOE sequential total count: 786
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.33 Å / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0032 Å / Distance rms dev error: 0.0007 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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