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- PDB-2ken: Solution NMR structure of the OB domain (residues 67-166) of MM02... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ken
タイトルSolution NMR structure of the OB domain (residues 67-166) of MM0293 from Methanosarcina mazei. Northeast Structural Genomics Consortium target MaR214a.
要素Conserved protein
キーワードstructural genomics / unknown function / nucleic acid binding protein / beta barrel / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性: / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / DNA binding / Mainly Beta / Conserved protein
機能・相同性情報
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Ramelot, T.A. / Ding, K. / Magliqui, M. / Jiang, M. / Ciccosanti, C. / Xiao, R. / Lui, J. / Everett, J.K. / Swapna, G. / Acton, T.B. ...Ramelot, T.A. / Ding, K. / Magliqui, M. / Jiang, M. / Ciccosanti, C. / Xiao, R. / Lui, J. / Everett, J.K. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of the OB domain of MM0293 from the archea Methanosarcina mazei
著者: Kennedy, M.A. / Ramelot, T.A. / Ding, K. / Magliqui, M. / Jiang, M. / Ciccosanti, C. / Xiao, R. / Lui, J. / Everett, J.K. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T.
履歴
登録2009年1月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5191
ポリマ－12,5191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Conserved protein


分子量: 12519.097 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 67-166 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: aggregation screen by gel filtration light scattering is 89.8% monomer using Shodex KW-803 column
由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) / 株: Goe1 / 遺伝子: MM0293, MM_0293 / プラスミド: pET21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8Q045

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D HNCA
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D H(CCO)NH
1713D C(CO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
11012D 1H-15N HSQC
11112D 1H-13C HSQC
11232D 1H-13C HSQC
11314D 1H-13C NOESY
21442D 1H-15N HSQC-TROSY
21522D 1H-15N HSQC-TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] OB domain-1, 20 mM MES-2, 100 mM sodium chloride-3, 10 mM DTT-4, 5 mM calcium chloride-5, .02 % sodium azide-6, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.2 mM [U-5% 13C; U-99% 15N] OB domain-7, 20 mM MES-8, 100 mM sodium chloride-9, 10 mM DTT-10, 5 mM calcium chloride-11, .02 % sodium azide-12, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.2 mM [U-5% 13C; U-99% 15N] OB domain-13, 20 mM MES-14, 100 mM sodium chloride-15, 10 mM DTT-16, 5 mM calcium chloride-17, .02 % sodium azide-18, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
41.2 mM [U-5% 13C; U-99% 15N] OB domain-19, 20 mM MES-20, 100 mM sodium chloride-21, 10 mM DTT-22, 5 mM calcium chloride-23, .02 % sodium azide-24, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMOB domain-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMES-21
100 mMsodium chloride-31
10 mMDTT-41
5 mMcalcium chloride-51
.02 %sodium azide-61
1.2 mMOB domain-7[U-5% 13C; U-99% 15N]2
20 mMMES-82
100 mMsodium chloride-92
10 mMDTT-102
5 mMcalcium chloride-112
.02 %sodium azide-122
1.2 mMOB domain-13[U-5% 13C; U-99% 15N]3
20 mMMES-143
100 mMsodium chloride-153
10 mMDTT-163
5 mMcalcium chloride-173
.02 %sodium azide-183
1.2 mMOB domain-19[U-5% 13C; U-99% 15N]4
20 mMMES-204
100 mMsodium chloride-214
10 mMDTT-224
5 mMcalcium chloride-234
.02 %sodium azide-244
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.16.5ambient 293 K
20.16.5ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8501
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
Sparky3.113Goddardデータ解析
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
PSVS1.3Bhattacharya and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: autostructure and cyana were used to automatically assign NOE crosspeaks. xplor-NIH was used for refinement and refinement, including the HBDB potential. Refinement includes RDCs from samples ...詳細: autostructure and cyana were used to automatically assign NOE crosspeaks. xplor-NIH was used for refinement and refinement, including the HBDB potential. Refinement includes RDCs from samples aligned in Phage and PEG.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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