PDB-2kef: Solution NMR structures of human hepcidin at 325K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kef

タイトル

Solution NMR structures of human hepcidin at 325K

要素

Hepcidin

キーワード

Antibiotic / Hormone / Hepcidin / Antimicrobial / Cleavage on pair of basic residues / Disease mutation / Fungicide / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of iron export across plasma membrane / negative regulation of intestinal absorption / negative regulation of iron ion transmembrane transport / response to iron ion / transporter regulator activity / defense response to fungus / hormone activity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / killing of cells of another organism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Jordan, J.B. / Poppe, L. / Hainu, M. / Arvedson, T. / Syed, R. / Li, V. / Kohno, H. / Kim, H. / Miranda, L.P. / Cheetham, J. / Sasu, B.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Hepcidin revisited, disulfide connectivity, dynamics, and structure.
著者: Jordan, J.B. / Poppe, L. / Haniu, M. / Arvedson, T. / Syed, R. / Li, V. / Kohno, H. / Kim, H. / Schnier, P.D. / Harvey, T.S. / Miranda, L.P. / Cheetham, J. / Sasu, B.J.

履歴

登録	2009年1月29日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kef.cif.gz	148.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kef.ent.gz	109.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kef.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2kef_validation.pdf.gz	339.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2kef_full_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示
XML形式データ	2kef_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	2kef_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/2kef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/2kef	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h0tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1qg9-d 6my3-d 5lo2-d 2ncy-d 2mz2-d 1g04-d 1k9g-d 1kfp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hepcidin

2.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Hepcidin / Liver-expressed antimicrobial peptide / LEAP-1 / liver tumor regressor / PLTR / Hepcidin-25 / Hepc25 分子量: 2802.455 Da / 分子数: 1 / 断片: Hepcidin-25, UNP residues 60-84 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Amgen proprietary vector / 遺伝子: HAMP, HEPC, LEAP1 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P81172
Has protein modification	Y

#1: タンパク質・ペプチド

Hepcidin / Liver-expressed antimicrobial peptide / LEAP-1 / liver tumor regressor / PLTR / Hepcidin-25 / Hepc25

分子量: 2802.455 Da / 分子数: 1 / 断片: Hepcidin-25, UNP residues 60-84 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 解説: Amgen proprietary vector / 遺伝子: HAMP, HEPC, LEAP1
発現宿主:

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P81172

Has protein modification

Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	2D TOCSY-NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1 mM hepcidin-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: hepcidin-1
試料状態	pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 325 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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