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- PDB-2kds: Structure of Ribosomal Protein L14e from Sulfolobus solfataricus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kds
タイトルStructure of Ribosomal Protein L14e from Sulfolobus solfataricus
要素50S ribosomal protein L14e
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / protein / hyperthmophile / sh3 / Ribonucleoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L14e / SH3 type barrels. - #30 / Ribosomal protein L14 / SH3 type barrels. / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein eL14
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Edmondson, S.P. / Shriver, J.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and Stability of the Archael L14e Ribosomal Protein from Sulfolobus solfataricus
著者: Edmondson, S.P. / Clark, A.T. / Turri, J.S. / Smith, K.L. / Shriver, J.W.
履歴
登録2009年1月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月24日Group: Structure summary
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L14e


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7511
ポリマ－10,7511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L14e


分子量: 10750.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: rpl14e, SSO5763 / プラスミド: pETBlue-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RosettaBlue(DE3) / 参照: UniProt: Q980C1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D HNHA
1813D HCC TOCSY-NNH
1913D CCC-TOCSY-NNH
11023D (H)CCH-TOCSY
11123D (H)CCH-COSY
1121(HB)CB(CGCD)HD
11312D DQF-COSY
11412D 1H-1H NOESY
11512D 1H-13C HSQC
11613D 1H-15N NOESY
11723D 1H-13C NOESY
11822D 1H-15N HSQC
11912D 1H-15N NOE
12012D 1H-15N T1
12112D 1H-15N T1rho
12243D HNCO-IPAP

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] L14e ribosomal protein-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] L14e ribosomal protein-2, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-100% 15N] L14e ribosomal protein-3, 0.2 mM DSS-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41 mM [U-100% 15N] L14e ribosomal protein-5, 5 % C12E5-6, 1.0 r hexanol-7, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mML14e ribosomal protein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mML14e ribosomal protein-2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1 mML14e ribosomal protein-3[U-100% 15N]3
0.2 mMDSS-43
1 mML14e ribosomal protein-5[U-100% 15N]4
5 %C12E5-64
1.0 %hexanol-74
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMRVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewaquaJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewaquaJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilgeschemical shift assignment
X-PLOR NIH2.19Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1307 / NOE intraresidue total count: 584 / NOE long range total count: 246 / NOE medium range total count: 192 / NOE sequential total count: 285 / Hydrogen bond constraints total count: 58 / Protein phi angle constraints total count: 42 / Protein psi angle constraints total count: 42
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.048 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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