[日本語] English
万見
- PDB-2kdn: Solution structure of PFE0790c, a putative bolA-like protein from... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kdn
タイトルSolution structure of PFE0790c, a putative bolA-like protein from the protozoan parasite Plasmodium falciparum.
要素Putative uncharacterized protein PFE0790c
キーワードUNKNOWN FUNCTION / NMR solution structure / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / structural genomics / malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


[2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster binding / intracellular iron ion homeostasis / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
BolA-like / BolA protein / BolA-like superfamily / BolA-like protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BolA-like protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
データ登録者Buchko, G.W. / Yee, A. / Semesi, A. / Hui, R. / Arrowsmith, C.H. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Solution-state NMR structure of the putative morphogene protein BolA (PFE0790c) from Plasmodium falciparum.
著者: Buchko, G.W. / Yee, A. / Semesi, A. / Myler, P.J. / Arrowsmith, C.H. / Hui, R.
履歴
登録2009年1月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年5月6日Group: Database references
改定 1.32015年5月13日Group: Database references
改定 1.42015年5月20日Group: Database references
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein PFE0790c


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3281
ポリマ－12,3281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein PFE0790c


分子量: 12328.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PFE0790c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8I3V0

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D HN(CA)CB
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCA
1513D 1H-15N NOESY
1613D HBHA(CO)NH
1713D 1H-13C NOESY
1813D C(CO)NH
1913D H(CCO)NH
11012D 1H-15N HSQC
11122D 1H-13C HSQC
11213D (H)CCH-TOCSY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 10 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 0.01 % sodium azide, 1 mM benzamidine, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
21.5 mM [U-7% 13C; U-99% 15N] protein, 10 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 0.01 % sodium azide, 1 mM benzamidine, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMprotein[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mMsodium phosphate1
200 mMsodium chloride1
10 mMDTT1
0.01 %sodium azide1
1 mMbenzamidine1
1.5 mMprotein[U-7% 13C; U-99% 15N]2
10 mMsodium phosphate2
200 mMsodium chloride2
10 mMDTT2
0.01 %sodium azide2
1 mMbenzamidine2
試料状態イオン強度: 200 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA8003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, P. et al.構造決定
Sparky3.11Goddard, T. et al.データ解析
Sparky3.11Goddard, T. et al.peak picking
Felix2007Accelrys Software Inc.解析
CNS1.1Brunger, A. et al.精密化
CNS1.1Brunger, A. et al.構造決定
PSVS1.3Bhattacharya, A. et al.データ解析
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure determination was performed iteratively using CYANA (Automated NOESY Assignments). A total of 20 structures out of 100 with lowest target function from the final CYANA calculation ...詳細: Structure determination was performed iteratively using CYANA (Automated NOESY Assignments). A total of 20 structures out of 100 with lowest target function from the final CYANA calculation were taken and refined by restrained molecular dynamics/energy minimization in explicit water (CNS) after adding 15% to the upper boundary limit. The final set of structures contained no dihedral violations greater than 1 degree and only 4 distance violations total that were greater than 0.05 Angstrom.
NMR constraintsNOE constraints total: 1619 / NOE intraresidue total count: 425 / NOE long range total count: 319 / NOE medium range total count: 399 / NOE sequential total count: 476 / Hydrogen bond constraints total count: 60 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 63 / Protein psi angle constraints total count: 63
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る