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- PDB-2kde: NMR structure of major S5a (196-306):K48 linked diubiquitin species -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kde
タイトルNMR structure of major S5a (196-306):K48 linked diubiquitin species
要素
  • 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4
  • Ubiquitin
キーワードPROTEIN BINDING / protein complex / ubiquitin interacting motifs / Cytoplasm / Nucleus / Ubl conjugation / Alternative splicing / Phosphoprotein / Proteasome
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome accessory complex / proteasome regulatory particle, base subcomplex / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome complex / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin ...proteasome accessory complex / proteasome regulatory particle, base subcomplex / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome complex / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Hh mutants are degraded by ERAD / Degradation of AXIN / Degradation of GLI1 by the proteasome / Activation of NF-kappaB in B cells / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Negative regulation of NOTCH4 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / G2/M Checkpoints / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Hedgehog 'on' state / Regulation of RUNX3 expression and activity / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / MAPK6/MAPK4 signaling / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / ABC-family proteins mediated transport / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / FCERI mediated NF-kB activation / modification-dependent protein catabolic process / Regulation of PTEN stability and activity / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RAS by GAPs / protein tag activity / Separation of Sister Chromatids / Regulation of RUNX2 expression and activity / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / UCH proteinases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Neddylation / ER-Phagosome pathway / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / molecular adaptor activity / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3990 / : / Ubiquitin interaction motif / Ubiquitin-interacting motif. / von Willebrand factor type A domain / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A ...Helix Hairpins - #3990 / : / Ubiquitin interaction motif / Ubiquitin-interacting motif. / von Willebrand factor type A domain / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Helix Hairpins / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 / Polyubiquitin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Zhang, N. / Wang, Q. / Ehlinger, A. / Randles, L. / Lary, J.W. / Kang, Y. / Haririnia, A. / Cole, J.L. / Fushman, D. / Walters, K.J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Structure of the s5a:k48-linked diubiquitin complex and its interactions with rpn13.
著者: Zhang, N. / Wang, Q. / Ehlinger, A. / Randles, L. / Lary, J.W. / Kang, Y. / Haririnia, A. / Storaska, A.J. / Cole, J.L. / Fushman, D. / Walters, K.J.
履歴
登録2009年1月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4
B: Ubiquitin
C: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9813
ポリマ－28,9813
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)7 / 30structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 / 26S proteasome regulatory subunit S5A / Rpn10 / Multiubiquitin chain-binding protein / ...26S proteasome regulatory subunit S5A / Rpn10 / Multiubiquitin chain-binding protein / Antisecretory factor 1 / ASF / AF


分子量: 11826.878 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 196-306, S5a fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSMD4, MCB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55036
#2: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62972

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
2223D 1H-13C NOESY
2333D 13C-filtered 1H-13C NOESY
2443D 13C-filtered 1H-13C NOESY
2553D 13C-filtered 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4 mM [U-100% 15N; U-50% 2H] S5a (196-306)-1, 1.2 mM K48 linked diubiquitin-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 13C] S5a (196-306)-3, 1.5 mM K48 linked diubiquitin-4, 100% D2O100% D2O
30.5 mM [U-100% 13C of the proximal Ub; natural abundance of the distal subunit] K48 linked diubiquitin-5, 1.0 mM S5a (196-306)-6, 100% D2O100% D2O
40.5 mM [U-100% 13C of the distal subunit; natural abundance of the proximal Ub] K48 linked diubiquitin-7, 1.0 mM S5a (196-306)-8, 100% D2O100% D2O
50.4 mM [U-100% 13C] S5a (196-306)-9, 1.2 mM [U-100% 2H of the proximal Ub; natural abundance of the distal subunit] ] K48 linked diubiquitin-10, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMS5a (196-306)-1[U-100% 15N; U-50% 2H]1
1.2 mMK48 linked diubiquitin-21
0.5 mMS5a (196-306)-3[U-100% 13C]2
1.5 mMK48 linked diubiquitin-42
0.5 mMK48 linked diubiquitin-5[U-100% 13C of the proximal Ub; natural abundance of the distal subunit]3
1.0 mMS5a (196-306)-63
0.5 mMK48 linked diubiquitin-7[U-100% 13C of the distal subunit; natural abundance of the proximal Ub]4
1.0 mMS5a (196-306)-84
0.4 mMS5a (196-306)-9[U-100% 13C]5
1.2 mMK48 linked diubiquitin-10[U-100% 2H of the proximal Ub; natural abundance of the distal subunit] ]5
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM NaPO4; 100 mM NaCl 6.5 ambient 298 K
220 mM NaPO4; 50 mM NaCl 6.5 ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
XEASYBartels et al.データ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLORBrunger構造決定
X-PLORBrunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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