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- PDB-2kd4: Solution structure and thermodynamics of 2',5' RNA intercalation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kd4
タイトルSolution structure and thermodynamics of 2',5' RNA intercalation
要素5'-R(*GP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*C)-2'
キーワードRNA / proflavine / intercalation / 2' / 5' RNA / nearest-neighbor exclusion
機能・相同性PROFLAVIN / RNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Horowitz, E.D. / Lilavivat, S. / Holladay, B.W. / Germann, M.W. / Hud, N.V.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Solution structure and thermodynamics of 2',5' RNA intercalation.
著者: Horowitz, E.D. / Lilavivat, S. / Holladay, B.W. / Germann, M.W. / Hud, N.V.
履歴
登録2009年1月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*C)-2'
B: 5'-R(*GP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*C)-2'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5324
ポリマ－5,1132
非ポリマー4182
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 10structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*C)-2'


分子量: 2556.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic 2',5' RNA
#2: 化合物 ChemComp-PRL / PROFLAVIN


分子量: 209.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11N3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H-1H NOESY
12131P-1H HETCOR
1311H-1H TOCSY
14131P-decoupled 1H-1H COSY
2511H-1H NOESY with WATERGATE water suppression

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試料調製

詳細内容: 2 mM 2',5' RNA-1, 4 mM PROFLAVINE-2, 60 mM Sodium Phosphate-3, 200 mM sodium chloride-4, 99.9% D2O
溶媒系: 99.9% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
2 mM2',5' RNA-11
4 mMPROFLAVINE-21
60 mMSodium phosphate-31
200 mMsodium chloride-41
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
12606.51 atm282 K
21301 atm282 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
XwinNMRBruker Biospincollection
XwinNMRBruker Biospinデータ解析
XwinNMRBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 300 random structures were generated and annealed. The lowest 10 energy structures were then re-annealed
NMR constraintsNA alpha-angle constraints total count: 14 / NA other-angle constraints total count: 14 / NOE constraints total: 378 / NOE intraresidue total count: 258 / NOE medium range total count: 378 / NOE sequential total count: 258
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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