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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kd4 | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Solution structure and thermodynamics of 2',5' RNA intercalation | ||||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA / proflavine / intercalation / 2' / 5' RNA / nearest-neighbor exclusion | 機能・相同性 | PROFLAVIN / RNA | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | Model details | lowest energy, model 1 | データ登録者 | Horowitz, E.D. / Lilavivat, S. / Holladay, B.W. / Germann, M.W. / Hud, N.V. | 引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009 | タイトル: Solution structure and thermodynamics of 2',5' RNA intercalation. 著者: Horowitz, E.D. / Lilavivat, S. / Holladay, B.W. / Germann, M.W. / Hud, N.V. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2kd4.cif.gz | 19.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2kd4.ent.gz | 13.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2kd4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2kd4_validation.pdf.gz | 329.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2kd4_full_validation.pdf.gz | 329.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2kd4_validation.xml.gz | 2.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2kd4_validation.cif.gz | 3.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/2kd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/2kd4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2556.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic 2',5' RNA #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 2 mM 2',5' RNA-1, 4 mM PROFLAVINE-2, 60 mM Sodium Phosphate-3, 200 mM sodium chloride-4, 99.9% D2O 溶媒系: 99.9% D2O | |||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: 300 random structures were generated and annealed. The lowest 10 energy structures were then re-annealed | ||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NA alpha-angle constraints total count: 14 / NA other-angle constraints total count: 14 / NOE constraints total: 378 / NOE intraresidue total count: 258 / NOE medium range total count: 378 / NOE sequential total count: 258 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |