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万見
- PDB-2kcn: Solution structure of the antifungal protein PAF from Penicillium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kcn
タイトルSolution structure of the antifungal protein PAF from Penicillium chrysogenum
要素Antifungal protein
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / antifungal protein PAF
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to fungus / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能
Antifungal protein domain / Antifungal protein / Antifungal protein domain superfamily / Antifungal protein / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antifungal protein
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium chrysogenum (菌類)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 4
データ登録者Batta, G. / Barna, T. / Gaspari, Z. / Sandor, S. / Kover, K.E. / Binder, U. / Sarg, B. / Kaiserer, L. / Chhillar, A.K. / Eigentler, A. ...Batta, G. / Barna, T. / Gaspari, Z. / Sandor, S. / Kover, K.E. / Binder, U. / Sarg, B. / Kaiserer, L. / Chhillar, A.K. / Eigentler, A. / Leiter, E. / Hegedus, N. / Pocsi, I. / Lindner, H. / Marx, F.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Functional aspects of the solution structure and dynamics of PAF--a highly-stable antifungal protein from Penicillium chrysogenum
著者: Batta, G. / Barna, T. / Gaspari, Z. / Sandor, S. / Kover, K.E. / Binder, U. / Sarg, B. / Kaiserer, L. / Chhillar, A.K. / Eigentler, A. / Leiter, E. / Hegedus, N. / Pocsi, I. / Lindner, H. / Marx, F.
履歴
登録2008年12月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antifungal protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2631
ポリマ－6,2631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Antifungal protein


分子量: 6263.099 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 38-92 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium chrysogenum (菌類) / 遺伝子: paf / 参照: UniProt: Q01701

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1412D 1H-13C HSQC
1513D 1H-15N NOESY
1613D 1H-15N TOCSY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined from the 2D NOESY (130ms mixing time) using ATNOS/CANDID/CYANA 2.0

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試料調製

詳細内容: 1.6mM [U-100% 15N] PAF-1, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 1.6 mM / 構成要素: PAF-1 / Isotopic labeling: [U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0.04 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 304 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2Herrmann, Guntert, Wuthrichautomated noe chemical shift assignment
CYANA2Herrmann, Guntert, Wuthrichnmr structure calculation
CYANA2Herrmann, Guntert, Wuthrichmolecular dynamics calculation
CYANA2Herrmann, Guntert, Wuthrichprotein structure data analysis
CYANA2Herrmann, Guntert, Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2Herrmann, Guntert, Wuthrichcollection
CYANA2Herrmann, Guntert, Wuthrich精密化
CYANA2Guntert, Mumenthaler, Wuthrichautomated noe chemical shift assignment
CYANA2Guntert, Mumenthaler, Wuthrichnmr structure calculation
CYANA2Guntert, Mumenthaler, Wuthrichmolecular dynamics calculation
CYANA2Guntert, Mumenthaler, Wuthrichprotein structure data analysis
CYANA2Guntert, Mumenthaler, Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2Guntert, Mumenthaler, Wuthrichcollection
CYANA2GROMACS, Bekker, Berendse, Dijkstraautomated noe chemical shift assignment
CYANA2GROMACS, Bekker, Berendse, Dijkstranmr structure calculation
CYANA2GROMACS, Bekker, Berendse, Dijkstramolecular dynamics calculation
CYANA2GROMACS, Bekker, Berendse, Dijkstraprotein structure data analysis
CYANA2GROMACS, Bekker, Berendse, Dijkstrachemical shift assignment
CYANA2GROMACS, Bekker, Berendse, Dijkstracollection
CYANA2Laskowski, MacArthurautomated noe chemical shift assignment
CYANA2Laskowski, MacArthurnmr structure calculation
CYANA2Laskowski, MacArthurmolecular dynamics calculation
CYANA2Laskowski, MacArthurprotein structure data analysis
CYANA2Laskowski, MacArthurchemical shift assignment
CYANA2Laskowski, MacArthurcollection
CYANA2Goddardautomated noe chemical shift assignment
CYANA2Goddardnmr structure calculation
CYANA2Goddardmolecular dynamics calculation
CYANA2Goddardprotein structure data analysis
CYANA2Goddardchemical shift assignment
CYANA2Goddardcollection
CYANA2Bruker Biospinautomated noe chemical shift assignment
CYANA2Bruker Biospinnmr structure calculation
CYANA2Bruker Biospinmolecular dynamics calculation
CYANA2Bruker Biospinprotein structure data analysis
CYANA2Bruker Biospinchemical shift assignment
CYANA2Bruker Biospincollection
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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