PDB-2kch: Solution structure of micelle-bound kalata B2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kch

タイトル

Solution structure of micelle-bound kalata B2

要素

Kalata-B2

キーワード

PLANT PROTEIN / cyclic cystine knot / Cytolysis / Hemolysis / Knottin / Oxidation / Plant defense

機能・相同性

Cyclotide, moebius, conserved site / Cyclotides Moebius subfamily signature. / Cyclotides profile. / Cyclotide / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / defense response / killing of cells of another organism / Kalata-B2

機能・相同性情報

生物種

Oldenlandia affinis (植物)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Wang, C.K.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2009
タイトル: Despite a conserved cystine knot motif, different cyclotides have different membrane binding modes.
著者: Wang, C.K. / Colgrave, M.L. / Ireland, D.C. / Kaas, Q. / Craik, D.J.

履歴

登録	2008年12月21日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kch.cif.gz	133.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kch.ent.gz	91.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kch.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/2kch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/2kch	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2kcgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2m9o-d 1v6r-d 2m8f-d 1n1u-d 2gj0-d 3e4h-d 2k7g-d 5xiv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 16074

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kalata-B2

2.98 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Kalata-B2 分子量: 2980.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oldenlandia affinis (植物) / 参照: UniProt: P58454
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 2 mM Kalata-B2, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 2 mM / 構成要素: Kalata-B2
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 5 / 圧: 0 bar / 温度: 313 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software	名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化	手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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