[日本語] English
万見
- PDB-2kbw: Solution Structure of human Mcl-1 complexed with human Bid_BH3 peptide -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kbw
タイトルSolution Structure of human Mcl-1 complexed with human Bid_BH3 peptide
要素
  • BH3-interacting domain death agonist
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS / Mcl-1 / Bid_BH3 / complex / Alternative splicing / Cytoplasm / Developmental protein / Differentiation / Membrane / Mitochondrion / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Transmembrane / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / Activation and oligomerization of BAK protein / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / cell fate determination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage ...cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / Activation and oligomerization of BAK protein / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / cell fate determination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of epithelial cell proliferation / cellular homeostasis / establishment of protein localization to membrane / death receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial fusion / positive regulation of mitochondrial membrane potential / Bcl-2 family protein complex / protein targeting to mitochondrion / hepatocyte apoptotic process / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / apoptotic mitochondrial changes / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / BH3 domain binding / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of T cell proliferation / negative regulation of anoikis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / protein transmembrane transporter activity / signal transduction in response to DNA damage / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / supramolecular fiber organization / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein-containing complex assembly / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site ...BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BH3-interacting domain death agonist / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Liu, Q. / Moldoveanu, T. / Sprules, T. / Matta-Camacho, E. / Mansur-Azzam, N. / Gehring, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Apoptotic regulation by MCL-1 through heterodimerization.
著者: Liu, Q. / Moldoveanu, T. / Sprules, T. / Matta-Camacho, E. / Mansur-Azzam, N. / Gehring, K.
履歴
登録2008年12月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: BH3-interacting domain death agonist


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4492
ポリマ－22,4492
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 18716.164 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 167-326 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, Myeloid Cell Leukemia 1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド BH3-interacting domain death agonist / p22 BID / BID / BH3-interacting domain death agonist p15 / p15 BID / BH3-interacting domain death ...p22 BID / BID / BH3-interacting domain death agonist p15 / p15 BID / BH3-interacting domain death agonist p13 / p13 BID / BH3-interacting domain death agonist p11 / p11 BID


分子量: 3733.175 Da / 分子数: 1 / 断片: BH3 motif, residues 76-106 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P55957

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1322D 1H-15N HSQC
1422D 1H-15N HSQC
1522D 1H-15N HSQC
1633D CBCA(CO)NH
1733D HNCO
1833D HNCA
1933D HN(CA)CB
11033D 1H-15N NOESY
11132D 1H-15N HSQC
11253D CBCA(CO)NH
11353D HN(CA)CB
11453D HNCO
11553D HNCA
11653D 1H-15N NOESY
11752D 1H-15N HSQC
11842D 1H-13C HSQC
11943D (H)CCH-COSY
12043D 1H-13C NOESY
12162D 1H-13C HSQC
12263D (H)CCH-COSY
12363D 1H-13C NOESY
12443D CCH-TOCSY
12543D 1H-15N NOESY N15C13 filtered
12643D 1H-13C NOESY N15C13 filtered
12763D 1H-15N NOESY N15C13 filtered
12863D 1H-13C NOESY N15C13 filtered
12913D 1H-15N heteronuclear NOESY
13023D 1H-15N heteronuclear NOESY
1311IPAP-HSQC
1327IPAP-HSQC
1332IPAP-HSQC
1348IPAP-HSQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-95% 15N] Mcl-1-1, 0.5 mM Bid_BH3-2, 20 mM HEPES-3, 1 mM DTT-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM Mcl-1-5, 0.5 mM [U-95% 15N] Bid_BH3-6, 20 mM HEPES-7, 1 mM DTT-8, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Mcl-1-9, 0.5 mM Bid_BH3-10, 20 mM HEPES-11, 1 mM DTT-12, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Mcl-1-13, 0.5 mM Bid_BH3-14, 20 mM HEPES-15, 1 mM DTT-16, 100 % [U-100% 2H] D2O-17, 100% D2O100% D2O
50.5 mM Mcl-1-18, 0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Bid_BH3-19, 20 mM HEPES-20, 1 mM DTT-21, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
60.5 mM Mcl-1-22, 0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Bid_BH3-23, 20 mM HEPES-24, 1 mM DTT-25, 100 % [U-100% 2H] D2O-26, 100% D2O100% D2O
70.4 mM [U-95% 15N] Mcl-1-27, 0.4 mM Bid_BH3-28, 20 mM HEPES-29, 1 mM DTT-30, 6 mg/mL Pf1 phage-31, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
80.4 mM Mcl-1-32, 0.4 mM [U-95% 15N] Bid_BH3-33, 20 mM HEPES-34, 1 mM DTT-35, 8 mg/mL Pf1 phage-36, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMMcl-1-1[U-95% 15N]1
0.5 mMBid_BH3-21
20 mMHEPES-31
1 mMDTT-41
0.5 mMMcl-1-52
0.5 mMBid_BH3-6[U-95% 15N]2
20 mMHEPES-72
1 mMDTT-82
0.5 mMMcl-1-9[U-95% 13C; U-95% 15N]3
0.5 mMBid_BH3-103
20 mMHEPES-113
1 mMDTT-123
0.5 mMMcl-1-13[U-95% 13C; U-95% 15N]4
0.5 mMBid_BH3-144
20 mMHEPES-154
1 mMDTT-164
100 %D2O-17[U-100% 2H]4
0.5 mMMcl-1-185
0.5 mMBid_BH3-19[U-95% 13C; U-95% 15N]5
20 mMHEPES-205
1 mMDTT-215
0.5 mMMcl-1-226
0.5 mMBid_BH3-23[U-95% 13C; U-95% 15N]6
20 mMHEPES-246
1 mMDTT-256
100 %D2O-26[U-100% 2H]6
0.4 mMMcl-1-27[U-95% 15N]7
0.4 mMBid_BH3-287
20 mMHEPES-297
1 mMDTT-307
6 mg/mLPf1 phage-317
0.4 mMMcl-1-328
0.4 mMBid_BH3-33[U-95% 15N]8
20 mMHEPES-348
1 mMDTT-358
8 mg/mLPf1 phage-368
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Varian INOVAVarianINOVA5003

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XwinNMRBruker Biospincollection
XwinNMRBruker Biospin解析
VnmrJVariancollection
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2934 / NOE intraresidue total count: 973 / NOE long range total count: 386 / NOE medium range total count: 631 / NOE sequential total count: 747 / Hydrogen bond constraints total count: 190 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 141 / Protein psi angle constraints total count: 141
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る