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万見
- PDB-2kbt: Attachment of an NMR-invisible solubility enhancement tag (INSET)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kbt
タイトルAttachment of an NMR-invisible solubility enhancement tag (INSET) using a sortase-mediated protein ligation method
要素Proto-oncogene vav,Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードSIGNALING PROTEIN / sortase / protein ligation / GB1 / intein / INSET / solubility enhancement
機能・相同性
機能・相同性情報


Azathioprine ADME / CD28 dependent Vav1 pathway / Erythropoietin activates RAS / RAC2 GTPase cycle / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / NRAGE signals death through JNK / Signaling by SCF-KIT / VEGFR2 mediated vascular permeability / RAC1 GTPase cycle ...Azathioprine ADME / CD28 dependent Vav1 pathway / Erythropoietin activates RAS / RAC2 GTPase cycle / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / NRAGE signals death through JNK / Signaling by SCF-KIT / VEGFR2 mediated vascular permeability / RAC1 GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / FCERI mediated Ca+2 mobilization / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / RHOA GTPase cycle / Regulation of signaling by CBL / RHOG GTPase cycle / phosphorylation-dependent protein binding / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / VEGFA-VEGFR2 Pathway / natural killer cell activation / IgG binding / natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of cell size / T cell differentiation / phagocytosis / T cell costimulation / neutrophil chemotaxis / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of cell adhesion / reactive oxygen species metabolic process / T cell activation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / integrin-mediated signaling pathway / cell-cell junction / intracellular signal transduction / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular region / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / IgG-binding B ...VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Calponin homology domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / YSIRK Gram-positive signal peptide / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / LPXTG cell wall anchor motif / SH3 Domains / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G / Proto-oncogene vav
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, distance geometry
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Kumeta, H. / Kobashigawa, Y. / Ogura, K. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2009
タイトル: Attachment of an NMR-invisible solubility enhancement tag using a sortase-mediated protein ligation method
著者: Kobashigawa, Y. / Kumeta, H. / Ogura, K. / Inagaki, F.
履歴
登録2008年12月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年4月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.details / _entity.pdbx_description ..._entity.details / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.52024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene vav,Immunoglobulin G-binding protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9741
ポリマ－15,9741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: 抗体 Proto-oncogene vav,Immunoglobulin G-binding protein G / p95vav / IgG-binding protein G


分子量: 15974.466 Da / 分子数: 1
断片: SH3 2 domain of Proto-oncogene vav,UNP residues 228-282 of Immunoglobulin G-binding protein G
由来タイプ: 組換発現
詳細: A solubility-enhancement tag (SET) GB1, domain of immunoglobulin G-binding protein G (invisible GB1 tag), is non-labeled and attached to the C-terminal of 13C/15N-labeled Vav SH3 domain with protein ligation
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
遺伝子: Vav1, Vav, spg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27870, UniProt: P06654

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HN(CO)CA
1513D HNCA
1613D HN(CA)HA
1713D CBCA(CO)NH
1813D HN(CA)CB
1913D (H)CCH-TOCSY
11012D 1H-13C HSQC (Arom)
11112D (Hb)Cb(CgCd)Hd
11212D (Hb)Cb(CgCdCe)He
11313D (H)CCH-TOCSY (Arom)
11413D 1H-15N NOESY
11513D 1H-13C NOESY
11613D 1H-13C NOESY (Arom)

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試料調製

詳細内容: 20 mM MES-1, 2 mM DTT-2, 150 mM NaCl-3, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
20 mMMES-11
2 mMDTT-21
150 mMNaCl-31
試料状態イオン強度: 150 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityVarianUNITY8001
Varian UnityVarianUNITY6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.4Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMR6.1CVariancollection
RNMRTK3Alan Stern, Jeff Hoch解析
Sparky3.11Goddardchemical shift assignment
Sparky3.11Goddardpeak picking
Sparky3.11Goddard精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: simulated annealing, distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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