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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kbp | ||||||||||||||||||
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タイトル | Solution structure of a G-quadruplex of human telomeric RNA | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() RNA / G-quadruplex / parallel form / telomeric | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / Distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics constrained with NMR data (NOE, dihedral, hydrogen-bond constraints) | ![]() Phan, A.T. / Martadinata, H. | ![]() ![]() タイトル: Structure of propeller-type parallel-stranded RNA G-quadruplexes, formed by human telomeric RNA sequences in K+ solution. 著者: Martadinata, H. / Phan, A.T. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 161.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 135.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 313.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 379.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3909.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 1.25mM telomeric RNA-1, 70 mM potassium chloride-2, 20 mM potassium phosphate-3, 10 % D2O-4, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | |||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 90 mM K+ / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: Distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics constrained with NMR data (NOE, dihedral, hydrogen-bond constraints) ソフトェア番号: 1 | |||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1 |