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万見
- PDB-2kbh: solution structure of BmKalphaTx11 (major conformation) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kbh
タイトルsolution structure of BmKalphaTx11 (major conformation)
要素Toxin Bmka2
キーワードTOXIN / Protein / Ionic channel inhibitor / Neurotoxin / Secreted / Sodium channel inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like ...Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mesobuthus martensii (サソリ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Zhu, J. / Wu, H.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2010
タイトル: Solution structure of BmKalphaTx11, a toxin from the venom of the Chinese scorpion Buthus martensii Karsch
著者: Zhu, J. / Tong, X. / Cao, C. / Wu, G. / Zhang, N. / Wu, H.
履歴
登録2008年11月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年12月11日Group: Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: pdbx_nmr_sample_details / pdbx_struct_assembly ...pdbx_nmr_sample_details / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _pdbx_nmr_sample_details.contents

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin Bmka2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4681
ポリマ－7,4681
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4840 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Toxin Bmka2 / BmKalphaTx11 / Toxin BmTX11' / BmKalphaTx11' / Alpha-neurotoxin Tx11 / Alpha-toxin 2 / BmKalpha2


分子量: 7468.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Buthus martensii Karsch / 由来: (天然) Mesobuthus martensii (サソリ) / 参照: UniProt: Q9NJC7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D DQF-COSY
1312D 1H-1H NOESY
2412D 1H-1H TOCSY
2512D DQF-COSY
2612D 1H-1H NOESY
1722D 1H-1H TOCSY
1822D DQF-COSY
1922D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.4 mM BmKalphaTx11, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22.4 mM BmKalphaTx11, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
2.4 mMBmKalphaTx111
2.4 mMBmKalphaTx112
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1204.04ambient 300 K
2204.6ambient 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1BVariancollection
VNMR6.1BVarianデータ解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
ProcheckNMRLaskowski and MacArthur構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
ProcheckNMRLaskowski and MacArthur精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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