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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kau | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF UREASE FROM KLEBSIELLA AEROGENES AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
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![]() | HYDROLASE / NICKEL METALLOENZYME / HYDROLASE (UREA AMIDO) | ||||||
機能・相同性 | ![]() urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Jabri, E. / Carr, M.B. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of urease from Klebsiella aerogenes. 著者: Jabri, E. / Carr, M.B. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A. #1: ![]() タイトル: Requirement of Carbon Dioxide for in Vitro Assembly of the Urease Nickel Metallocenter 著者: Park, I.-S. / Hausinger, R.P. #2: ![]() タイトル: Preliminary Crystallographic Studies of Urease from Jack Bean and from Klebsiella Aerogenes 著者: Jabri, E. / Lee, M.H. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE ACTIVE SITE AND BI-NICKEL METALLOCENTER ARE LOCATED IN CHAIN C AT THE C-TERMINUS OF THE ...SHEET THE ACTIVE SITE AND BI-NICKEL METALLOCENTER ARE LOCATED IN CHAIN C AT THE C-TERMINUS OF THE STRANDS IN AN ALPHA-BETA BARREL. THIS BARREL IS STRUCTURALLY HOMOLOGOUS TO THAT OF ADENOSINE DEAMINASE, A MONO-ZINC METALLOENZYME. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 157.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO C 282 / 2: CIS PROLINE - PRO C 303 / 3: CIS PROLINE - PRO C 470 4: RESIDUE KCX C 217 IS A MODIFIED LYSINE WHICH IS CARBAMYLATED AT THE ZETA-AMINO GROUP. IT COORDINATES NI C 774 THROUGH ITS TERMINAL O ATOMS | ||||||||
詳細 | THREE NONIDENTICAL CHAINS, GAMMA (A), BETA (B), AND ALPHA (C), FORM ONE (ABC)-UNIT. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE (ABC)-UNIT. THE GAMMA CHAIN WAS CHOSEN AS CHAIN A BECAUSE IT HAS SEQUENCE HOMOLOGY TO THE N-TERMINUS OF THE ONE-SUBUNIT JACK BEAN UREASES, WHEREAS THE K. AEROGENES ALPHA CHAIN C HAS SEQUENCE HOMOLOGY TO THE C-TERMINUS OF JACK BEAN UREASE. THREE UNITS (A, B, C) PACK TIGHTLY AT THE CRYSTALLOGRAPHIC THREE-FOLD TO FORM A TRIMER OF TRIMERS OBSERVED IN SOLUTION. SYMMETRY THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. TRIMER 2 OF TRIMER OF TRIMERS APPLIED TO RESIDUES: A 1 .. A 100 SYMMETRY1 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: B 1 .. B 101 SYMMETRY1 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 2 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY3 2 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: C 1 .. C 767 SYMMETRY1 3 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY3 3 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 TRIMER 3 OF TRIMER OF TRIMERS APPLIED TO RESIDUES: A 1 .. A 100 SYMMETRY1 4 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY2 4 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 4 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: B 1 .. B 101 SYMMETRY1 5 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY2 5 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 5 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 APPLIED TO RESIDUES: C 1 .. C 767 SYMMETRY1 6 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SYMMETRY2 6 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 6 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11100.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: UREC / 器官: BEAN / プラスミド: PKAU19 / 発現宿主: ![]() | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 11712.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: UREB / 器官: BEAN / プラスミド: PKAU19 / 発現宿主: ![]() | ||||||
#3: タンパク質 | 分子量: 60409.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: UREA / 器官: BEAN / プラスミド: PKAU19 / 発現宿主: ![]() | ||||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | RESIDUE KCX C 217 IS A MODIFIED LYSINE WHICH IS CARBAMYLAT | 非ポリマーの詳細 | NI C 774 IS COORDINATED BY ND1 HIS C 246, NE2 HIS C 272, AND O1 LYS C 217 IN A PSEUDO TETRAHEDRAL ...NI C 774 IS COORDINATE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 % | ||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 Å |
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検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 58334 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 386731 / Rmerge(I) obs: 0.089 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / σ(F): 0 詳細: RESIDUES 308 - 335 IN CHAIN C HAVE HIGH B-FACTORS. THEY CORRESPOND TO A MOBILE LOOP NEAR THE ACTIVE SITE.
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |