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万見
- PDB-2kae: data-driven model of MED1:DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kae
タイトルdata-driven model of MED1:DNA complex
要素
  • 5'-D(*DCP*DGP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DGP*DTP*DAP*DTP*DAP*DCP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DCP*DG)-3'
  • GATA-type transcription factor
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / zinc finger / GATA-type / DNA / transcription factor / Metal-binding / Zinc / Zinc-finger / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DNA / DNA (> 10) / :
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lowry, J.A. / Gamsjaeger, R. / Thong, S. / Hung, W. / Kwan, A.H. / Broitman-Maduro, G. / Matthews, J.M. / Maduro, M. / Mackay, J.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural Analysis of MED-1 Reveals Unexpected Diversity in the Mechanism of DNA Recognition by GATA-type Zinc Finger Domains.
著者: Lowry, J.A. / Gamsjaeger, R. / Thong, S.Y. / Hung, W. / Kwan, A.H. / Broitman-Maduro, G. / Matthews, J.M. / Maduro, M. / Mackay, J.P.
履歴
登録2008年11月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GATA-type transcription factor
C: 5'-D(*DCP*DGP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DGP*DTP*DAP*DTP*DAP*DCP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DCP*DG)-3'
B: 5'-D(*DCP*DGP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DGP*DTP*DAP*DTP*DAP*DCP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DCP*DG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6964
ポリマ－20,6313
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 GATA-type transcription factor


分子量: 8364.610 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 111-166 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: med-1, T24D3.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9GSP3
#2: DNA鎖 5'-D(*DCP*DGP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DGP*DTP*DAP*DTP*DAP*DCP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DCP*DG)-3'


分子量: 6132.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D HBHA(CO)NH
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D HNHA
1913D 1H-15N NOESY
11012D 1H-1H NOESY
11122D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
140 mM sodium chloride, 20 mM potassium phosphate, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
240 mM sodium chloride, 20 mM potassium phosphate, 1 mM DTT, 6 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
40 mMsodium chloride1
20 mMpotassium phosphate1
1 mMDTT1
40 mMsodium chloride2
20 mMpotassium phosphate2
1 mMDTT2
6 mg/mLPf1 phage2
試料状態pH: 6.5 / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: HADDOCK
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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