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- PDB-2k9a: The Solution Structure of the Arl2 Effector, BART -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k9a
タイトルThe Solution Structure of the Arl2 Effector, BART
要素ADP-ribosylation factor-like protein 2-binding protein
キーワードPROTEIN BINDING / Protein / Effector / small G protein / Alternative splicing / Cytoplasm / Mitochondrion / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / GTPase regulator activity / maintenance of protein location in nucleus / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / mitochondrial intermembrane space / cilium / spindle / midbody / transcription coactivator activity / mitochondrial matrix ...Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / GTPase regulator activity / maintenance of protein location in nucleus / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / mitochondrial intermembrane space / cilium / spindle / midbody / transcription coactivator activity / mitochondrial matrix / centrosome / signal transduction / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor-like protein 2-binding protein / Adp-ribosylation factor-like protein 2-binding protein fold / ADP-ribosylation factor-like 2-binding protein, domain / BART domain / BART domain superfamily / The ARF-like 2 binding protein BART / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor-like protein 2-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Bailey, L.K. / Campbell, L.J. / Evetts, K.A. / Littlefield, K. / Rajendra, E. / Nietlispach, D. / Owen, D. / Mott, H.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The Structure of Binder of Arl2 (BART) Reveals a Novel G Protein Binding Domain: IMPLICATIONS FOR FUNCTION.
著者: Bailey, L.K. / Campbell, L.J. / Evetts, K.A. / Littlefield, K. / Rajendra, E. / Nietlispach, D. / Owen, D. / Mott, H.R.
履歴
登録2008年10月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor-like protein 2-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1631
ポリマ－16,1631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)50 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor-like protein 2-binding protein / ARF-like 2-binding protein / Binder of ARF2 protein 1


分子量: 16162.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARL2BP, BART, BART1 / プラスミド: pET 16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2Y0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1423D HNCA
1523D HN(CO)CA
1623D HN(CA)CB
1723D HN(COCA)CB
1823D 1H-13C NOESY
1923D (H)CCH-TOCSY
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity[U-100% 15N]1
10 %D2O1
50 mMsodium phosphate1
150 mMsodium chloride1
0.05 %sodium azide1
1 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 %D2O2
50 mMsodium phosphate2
150 mMsodium chloride2
0.05 %sodium azide2
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIALinge, J. et al.構造決定
CNSBrunger, A.T. et al.精密化
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift calculation
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
AzaraBoucher, W. et al.解析
TALOSCornilescu, G. et al.torsion angle prediction
TENSOR2Dosset, P. et al.model free analysis
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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