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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2k8z | ||||||||||||||||||
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タイトル | Dimeric solution structure of the DNA loop d(TCGTTGCT) | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / quadruplex / DNA-loop / minor groove tetrad | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | データ登録者 | Viladoms, J. / Escaja, N. / Frieden, M. / Gomez-Pinto, I. / Pedroso, E. / Gonzalez, C. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009 | タイトル: Self-association of short DNA loops through minor groove C:G:G:C tetrads. 著者: Viladoms, J. / Escaja, N. / Frieden, M. / Gomez-Pinto, I. / Pedroso, E. / Gonzalez, C. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2k8z.cif.gz | 104.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2k8z.ent.gz | 83.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2k8z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2k8z_validation.pdf.gz | 320.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2k8z_full_validation.pdf.gz | 374.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2k8z_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2k8z_validation.cif.gz | 8.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/2k8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/2k8z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2408.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.1-2.0 mM DNA (5'-D(*DTP*DCP*DGP*DTP*DTP*DGP*DCP*DT)-3'), 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 mM magnesium chloride, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | |||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 278 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |