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万見
- PDB-2k8a: Solution structure of a novel Ubiquitin-binding domain from Human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k8a
タイトルSolution structure of a novel Ubiquitin-binding domain from Human PLAA (PFUC, Gly76-Pro77 trans isomer)
要素Phospholipase A-2-activating protein
キーワードPROTEIN BINDING / Ubiquitin binding / WD repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of synaptic vesicle recycling / negative regulation of protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of phospholipase A2 activity / ubiquitin recycling / phospholipase A2 activator activity / positive regulation of neuron migration / positive regulation of dendrite extension / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / prostaglandin metabolic process / phospholipid metabolic process ...positive regulation of synaptic vesicle recycling / negative regulation of protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of phospholipase A2 activity / ubiquitin recycling / phospholipase A2 activator activity / positive regulation of neuron migration / positive regulation of dendrite extension / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / prostaglandin metabolic process / phospholipid metabolic process / ubiquitin binding / macroautophagy / nervous system development / cellular response to lipopolysaccharide / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / inflammatory response / synapse / signal transduction / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PFU (PLAA family ubiquitin binding), C-terminal domain / PUL domain / PLAA family ubiquitin binding domain / PFU domain superfamily / PUL domain / PFU (PLAA family ubiquitin binding) / PFU domain profile. / PUL domain profile. / Ubiquitin-like (UB roll) / Armadillo-like helical ...PFU (PLAA family ubiquitin binding), C-terminal domain / PUL domain / PLAA family ubiquitin binding domain / PFU domain superfamily / PUL domain / PFU (PLAA family ubiquitin binding) / PFU domain profile. / PUL domain profile. / Ubiquitin-like (UB roll) / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipase A-2-activating protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Fu, Q.S. / Zhou, C.J. / Gao, H.C. / Lin, D.H. / Hu, H.Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis for Ubiquitin Recognition by a Novel Domain from Human Phospholipase A2-activating Protein.
著者: Fu, Q.S. / Zhou, C.J. / Gao, H.C. / Jiang, Y.J. / Zhou, Z.R. / Hong, J. / Yao, W.M. / Song, A.X. / Lin, D.H. / Hu, H.Y.
履歴
登録2008年9月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A-2-activating protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0321
ポリマ－9,0321
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 20015 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A-2-activating protein / PLA2P / PLAP


分子量: 9032.011 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 386-465 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAA, PLAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y263

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D C(CO)NH
1413D HNCO
1513D HN(CA)CB
1613D H(CCO)NH
1713D HNHA
1813D 1H-15N NOESY
1923D (H)CCH-TOCSY
11023D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PFUC_trans, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PFUC_trans, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPFUC_trans[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMPFUC_trans[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 50mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Unity / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures were calculated with aria/cns using torsion angle dynamics
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 15 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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