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万見
- PDB-2k78: Solution Structure of the IsdC NEAT domain bound to Zinc Protopor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k78
タイトルSolution Structure of the IsdC NEAT domain bound to Zinc Protoporphyrin
要素Iron-regulated surface determinant protein C
キーワードHEME-BINDING PROTEIN / NEAT domain / NMR complex / heme / Isd / IsdC / Cell wall / Iron / Metal-binding / Peptidoglycan-anchor / Secreted / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


heme transport / hemoglobin binding / peptidoglycan-based cell wall / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sortase B signal domain, NPQTN class / Haem uptake protein IsdC / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / Immunoglobulin-like ...Sortase B signal domain, NPQTN class / Haem uptake protein IsdC / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN / Iron-regulated surface determinant protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Villareal, V.A. / Pilpa, R.M. / Robson, S.A. / Fadeev, E.A. / Clubb, R.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The IsdC Protein from Staphylococcus aureus Uses a Flexible Binding Pocket to Capture Heme.
著者: Villareal, V.A. / Pilpa, R.M. / Robson, S.A. / Fadeev, E.A. / Clubb, R.T.
履歴
登録2008年8月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_chiral

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-regulated surface determinant protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2512
ポリマ－16,6251
非ポリマー6261
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Iron-regulated surface determinant protein C / Staphylococcal iron-regulated protein D


分子量: 16625.418 Da / 分子数: 1 / 断片: NEAT domain, UNP residues 25-150 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain MW2) (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: isdC, sirD, MW1013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7A151
#2: 化合物 ChemComp-ZNH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN


分子量: 626.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32N4O4Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HNCA
1613D HNHA
1723D (H)CCH-COSY
1823D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D HNCO
11113D HNHB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
150 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 1.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] IsdC, 2.1 mM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN, 7 % [U-100% 2H] D2O, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
250 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 1.1 mM IsdC, 2.3 mM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN, 100 % D2O, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMsodium phosphate1
100 mMsodium chloride1
0.01 %sodium azide1
1.3 mMIsdC[U-100% 13C; U-100% 15N]1
2.1 mMPROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN1
7 %D2O[U-100% 2H]1
50 mMsodium phosphate2
100 mMsodium chloride2
0.01 %sodium azide2
1.1 mMIsdC2
2.3 mMPROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN2
100 %D2O2
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 302 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
PIPPGarrettpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ATNOS/CANDIDHerrmann, Guntert, Wuthrichchemical shift assignment
CARAKellerchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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