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- PDB-2k76: Solution structure of a paralog-specific Mena binder by NMR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k76
タイトルSolution structure of a paralog-specific Mena binder by NMR
要素pGolemi
キーワードDE NOVO PROTEIN / protein design / miniature protein / aPP / beta-hairpin / ActA homolog
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Link, N.M. / Hunke, C. / Eichler, J. / Bayer, P.
引用
ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The solution structure of pGolemi, a high affinity Mena EVH1 binding miniature protein, suggests explanations for paralog-specific binding to Ena/VASP homology (EVH) 1 domains.
著者: Link, N.M. / Hunke, C. / Mueller, J.W. / Eichler, J. / Bayer, P.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2004
タイトル: High Affinity, Paralog-Specific Recognition of the Mena EVH1 domain by a miniature protein
著者: Golemi-Kotra, D. / Mahaffy, R. / Footer, M.J. / Holtzman, J.H. / Pollard, T.D. / Theriot, J.A. / Schepartz, A.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Miniature Protein Ligands for EVH1 Domains: Interplay between Affinity, Specificity, and Cell Motility
著者: Holtzman, J.H. / Woronowicz, K. / Golemi-Kotra, D. / Schepartz, A.
履歴
登録2008年8月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pGolemi


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4601
ポリマ－3,4601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド pGolemi


分子量: 3459.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Solid-phase peptide synthesis. The original sequence comes from Meleagris gallopavo (Wild Turkey)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121TOCSY
131NOESY

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試料調製

詳細内容: 1 mM pGolemi, 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: pGolemi
試料状態イオン強度: 45 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AUREMOL2Bruker Biospinchemical shift assignment
AUREMOL2Bruker Biospinpeak picking
X-PLOR NIH2.18Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.18Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 373 / NOE intraresidue total count: 203 / NOE long range total count: 12 / NOE medium range total count: 63 / NOE sequential total count: 95 / Hydrogen bond constraints total count: 26 / Protein other angle constraints total count: 50
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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