PDB-2k60: NMR structure of calcium-loaded STIM1 EF-SAM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2k60

タイトル

NMR structure of calcium-loaded STIM1 EF-SAM

要素

PROTEIN (Stromal interaction molecule 1)

キーワード

SIGNALING PROTEIN / EF-hand / SAM domain / EF-SAM / STIM1 / stromal interaction molecule / store operated calcium entry regulator / SOCE / endoplasmic reticulum luminal calcium sensor / Calcium transport / Glycoprotein / Ion transport / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane / Transport / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

store-operated calcium entry / activation of store-operated calcium channel activity / positive regulation of adenylate cyclase activity / regulation of store-operated calcium entry / enamel mineralization / cortical endoplasmic reticulum / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / microtubule plus-end binding / regulation of calcium ion transport / plasma membrane raft ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing, simulated annealing

Model details

EF-hand and SAM domain structural organization for calcium-loaded stromal interaction molecule 1

データ登録者

Stathopulos, P.B. / Ikura, M.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: Structural and mechanistic insights into STIM1-mediated initiation of store-operated calcium entry.
著者: Stathopulos, P.B. / Zheng, L. / Li, G.Y. / Plevin, M.J. / Ikura, M.

履歴

登録	2008年7月2日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年7月24日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2k60.cif.gz	928 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2k60.ent.gz	775.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2k60.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/2k60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/2k60	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4qn8-3 3bya-d 5eg9-2 6byf-1 5uii-d 4ynl-1 3ewt-d 6v8l-3 2j6y-3 6v8h-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 15851

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (2) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (2) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEIN (Stromal interaction molecule 1)

ヘテロ分子

17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 250	20 structures for lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	PROTEIN (Stromal interaction molecule 1) 分子量: 17380.375 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 58-201 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STIM1, GOK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13586
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験

手法: 溶液NMR
詳細: EF-hand and SAM domain structural organization for calcium-loaded stromal interaction molecule 1

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D H(CCO)NH
1	6	1	3D C(CO)NH
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
2	8	2	3D (H)CCH-TOCSY
2	9	2	2D 1H-13C HSQC
2	10	2	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.5-1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] stromal interaction molecule 1, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 5 mM CALCIUM ION, 95% H2O/5% D2O	95% H2O/5% D2O
2	0.5-1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] stromal interaction molecule 1, 20 mM [U-99% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 5 mM CALCIUM ION, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.5 mM	stromal interaction molecule 1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
20 mM	TRIS		1
100 mM	sodium chloride		1
5 mM	CALCIUM ION		1
0.5 mM	stromal interaction molecule 1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	2
20 mM	TRIS	[U-99% 2H]	2
100 mM	sodium chloride		2
5 mM	CALCIUM ION		2

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	105	8	1 atm	293 K
2	105		1 atm	293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	v1.1	Brunger A. T. et.al.	精密化
CYANA	v2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
XEASY		Bartels et al.	chemical shift assignment
NMRPipe		Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析

精密化

手法: simulated annealing, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Water refinement and violation analysis was performed using the RECOORD scripts in CNS v1.1 (Nederveen et al, 2005).

NMR constraints

NOE constraints total: 3066 / NOE intraresidue total count: 796 / NOE long range total count: 802 / NOE medium range total count: 781 / NOE sequential total count: 687 / Hydrogen bond constraints total count: 106 / Protein phi angle constraints total count: 91 / Protein psi angle constraints total count: 91

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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