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万見
- PDB-2k5w: Solution NMR Structure of Putative Lipoprotein from Bacillus cere... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k5w
タイトルSolution NMR Structure of Putative Lipoprotein from Bacillus cereus Ordered Locus BC_2438. Northeast Structural Genomics Target BcR103A.
要素Hypothetical Cytosolic Protein BcR103A
キーワードstructural genomics / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Protein of unknown function DUF1093 / Protein of unknown function DUF1093 / YxeA-like superfamily / Protein of unknown function (DUF1093) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta / Hypothetical Cytosolic Protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Conover, K.M. / Swapna, G. / Rossi, P. / Wang, D. / Janjua, H. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. ...Conover, K.M. / Swapna, G. / Rossi, P. / Wang, D. / Janjua, H. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of Putative Lipoprotein from Bacillus cereus Ordered Locus BC_2438. Northeast Structural Genomics Target BcR103A.
著者: Conover, K.M. / Swapna, G. / Rossi, P. / Wang, D. / Janjua, H. / Owens, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T.
履歴
登録2008年6月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical Cytosolic Protein BcR103A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9211
ポリマ－13,9211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical Cytosolic Protein BcR103A


分子量: 13920.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
生物種: cereus
解説: Expression Media MJ9 100%N15 5%C13 and MJ9 100%N15 100%C13
遺伝子: BC_2438 / プラスミド: pET 21-23C / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q813L1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D 1H-13C NOESY ARO
1413D 1H-13C-15N SIM NOESY
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D CBCA(CO)NH
1913D HNCA
11013D HN(CO)CA
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D (H)CCH-COSY
11313D CCH-TOCSY
11422D 1H-15N HSQC
11522D 1H-13C HSQC stereo
1162HETNOE
1173slow exch 1H-15N HSQC
11833D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] BcR103A, 50 uM DSS, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 20 mM MES, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.37 mM [5% 13C; U-100% 15N] BcR103A, 50 uM DSS, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 20 mM MES, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] BcR103A, 50 uM DSS, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 20 mM MES, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMBcR103A[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 uMDSS1
10 mMDTT1
0.02 %sodium azide1
20 mMMES1
5 mMcalcium chloride1
100 mMsodium chloride1
1.37 mMBcR103A[5% 13C; U-100% 15N]2
50 uMDSS2
10 mMDTT2
0.02 %sodium azide2
20 mMMES2
5 mMcalcium chloride2
100 mMsodium chloride2
0.5 mMBcR103A[U-100% 13C; U-100% 15N]3
50 uMDSS3
10 mMDTT3
0.02 %sodium azide3
20 mMMES3
5 mMcalcium chloride3
100 mMsodium chloride3
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoAssign2.4.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
Sparky3.113Goddardデータ解析
PSVS1.3Bhattacharya and Montelione構造検証
PdbStat5.1Tejero R.; Montelione GT構造検証
MOLMOL2k2Koradi, Billeter and Wuthrichvisualization
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Tho構造検証
MolProbityRichardson構造検証
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING. STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA2.1. 20 OF 100 STRUCTURES LOWEST TARGET ...詳細: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING. STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA2.1. 20 OF 100 STRUCTURES LOWEST TARGET FUNCTION SELECTED WITH CYANA2.1. SELECTED MODELS ARE FURTHER REFINED USING CNS IN EXPLICIT WATER SHELL (NILGES PROTOCOL WITH PARAM19). ASSIGNMENT STATS (EXCLUDING C-TERM TAG): BACKBONE 85.1%, SIDECHAIN 78.2%, AROMATIC (SC) 76.7%, VL METHYL STEREOSPECIFIC 100%, UNAMBIGUOS SIDECHAIN NH2 100%. STRUCTURE BASED ON 1446 NOE, 137 DIHE. MAX NOE VIOLATION: 0.36 A (1MODEL); MAX DIHE VIOLATION: 6.6 DEG. 16 TOTAL CLOSE CONTACTS PER 20 MODELS. STRUCTURE QUALITY FACTOR (PSVS 1.3): ORDERED RESIDUES RANGES: 9-11, 13-18,23-51, 67-75, 87-107 FOR [S(PHI)+S(PSI)] > 1.8. SECONDARY STRUCTURE - BETA STRANDS: (13-17, 24-27, 30-33, 35-41, 46-51, 67-72, 87-93). RMSD 1.0 BACKBONE, 1.3 ALL HEAVY ATOMS. RAMA. DISTRIBUTION: 95.7/4.2/0.1/0.0. PROCHECK (PSI-PHI): -0.31/-0.90(RAW/Z), PROCHECK (ALL): -0.16/-0.95 (RAW/Z), MOLPROBITY CLASH: 15.17/-1.08 (RAW/Z). RPF SCORES ALL ASSIGNED RESIDUES (FIT OF NOESY PEAKLISTS TO STRUCTURE): RECALL: 0.99, PRECISION: 0.90, F-MEASURE: 0.94 DP-SCORE: 0.803.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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