PDB-2k5i: SOLUTION STRUCTURE OF IRON(II) TRANSPORT PROTEIN A FROM CLOSTRIDI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2k5i

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF IRON(II) TRANSPORT PROTEIN A FROM CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM , NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) TARGET VR131

要素

IRON TRANSPORT PROTEIN

キーワード

METAL TRANSPORT / Iron(II) transport protein A / FeoA / Structural Genomic / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

機能・相同性情報

transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium thermocellum (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing, distance geometry, torsion angle dynamics

データ登録者

Liu, G. / Wang, H. / Foote, E.L. / Jiang, M. / Xiao, R. / Swapna, G. / Nair, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR chemical shift assignments of iron(ii) transport protein a from clostridium thermocellum , northeast structural genomics consortium (nesg) target vr131
著者: Liu, g. / Xiao, r. / Montelione, G.T.

履歴

登録	2008年6月27日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2019年11月13日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer ...pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_keywords.text
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2k5i.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2k5i.ent.gz	942.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2k5i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/2k5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/2k5i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4mjs-2 4mjs-10 3nth-d 4mjs-1 3b2g-d 4mjs-3 6uyx-d 3nfl-6 262l-2 4joj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: VR131 BMRB: 15837

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IRON TRANSPORT PROTEIN

18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	IRON TRANSPORT PROTEIN 分子量: 18277.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア) 生物種: thermocellum / プラスミド: pET 21-23C / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWX0*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D 1H-13C NOESY
1	3	1	3D SIMULTANEOUS CN-NOESY
1	4	1	4,3D GFT CABCACONHN
1	5	1	4,3D GFT HNNCABCA
1	6	1	4,3D GFT HABCAB(CO)NHN
1	7	1	3D CCH-COSY
1	8	2	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.92 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	0.65 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.92 mM	protein	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
0.65 mM	protein	[U-10% 13C; U-100% 15N]	2

試料状態

イオン強度: na / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	データ解析
AutoStructure	2.2.1	Huang, Tejero, Powers and Montelione	データ解析
AutoAssign	2.3.0	Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelione	chemical shift assignment
XEASY	1.3.1	Bartels et al.	データ解析
NMRPipe	2.3	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
TopSpin		Bruker Biospin	collection
VnmrJ		Varian	collection

精密化

手法: simulated annealing, distance geometry, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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