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万見
- PDB-2k5f: Solution NMR structure of FeoA protein from Chlorobium tepidum. N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k5f
タイトルSolution NMR structure of FeoA protein from Chlorobium tepidum. Northeast Structural Genomics Consortium target CtR121
要素Ferrous iron transport protein A
キーワードMETAL TRANSPORT / SH3-like / alpha+beta / GFT / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FeoA domain / Ferrous iron transport protein A (FeoA) / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / Transcriptional repressor, C-terminal / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferrous iron transport protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, simulated annealing in explicit water bath
データ登録者Eletsky, A. / Sathyamoorthy, B. / Mills, J.L. / Zeri, A. / Zhao, L. / Hamilton, K. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Nair, R. / Baran, M.C. ...Eletsky, A. / Sathyamoorthy, B. / Mills, J.L. / Zeri, A. / Zhao, L. / Hamilton, K. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Nair, R. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of FeoA protein from Chlorobium tepidum. Northeast Structural Genomics Consortium target CtR121
著者: Eletsky, A. / Sathyamoorthy, B. / Mills, J.L. / Zeri, A. / Zhao, L. / Hamilton, K. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Nair, R. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B.L. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2008年6月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrous iron transport protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8731
ポリマ－11,8731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ferrous iron transport protein A


分子量: 11872.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
属: Chlorobium / 生物種: tepidum / 遺伝子: feoA-2, CT0057 / プラスミド: pET 21-23C / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q8KGB1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D HBHA(CO)NH
1713D (H)CCH-TOCSY
181(4,3)D GFT (H)CCH-COSY ali
191(4,3)D GFT L-(H)CCH-COSY aro
11013D HNHA
11113D HNCO (hbond)
11213D 1H-15N,13Cali,13Caro NOESY
11322D 1H-13C CT-HSQC 28ms

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.26 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] FeoA protein, 0.02 % sodium azide, 100 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 20 mM MES, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.26 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] FeoA protein, 0.02 % sodium azide, 100 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 20 mM MES, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.26 mMFeoA protein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.02 %sodium azide1
100 mMDTT1
5 mMcalcium chloride1
100 mMsodium chloride1
20 mMMES1
50 uMDSS1
1.26 mMFeoA protein[U-5% 13C; U-100% 15N]2
0.02 %sodium azide2
100 mMDTT2
5 mMcalcium chloride2
100 mMsodium chloride2
20 mMMES2
50 uMDSS2
試料状態イオン強度: 115 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ2.1BVariancollection
PROSA6.0.2Guntert解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
XEASY1.3.13Bartels et al.データ解析
AutoAssign1.15.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
CSI2Wishat and Sykesデータ解析
TALOS2003.027.13.05Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
PSVS1.3Bhattacharya and Montelione構造検証
精密化手法: simulated annealing, simulated annealing in explicit water bath
ソフトェア番号: 1 / 詳細: CYANA 2.1, CNS 1.2
NMR constraintsNOE constraints total: 1583 / NOE intraresidue total count: 293 / NOE long range total count: 555 / NOE medium range total count: 295 / NOE sequential total count: 440 / Hydrogen bond constraints total count: 104 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 104 / Protein psi angle constraints total count: 36
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.04 ° / コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 3.8 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.38 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.022 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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