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万見
- PDB-2k4f: Mouse CD3epsilon Cytoplasmic Tail -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k4f
タイトルMouse CD3epsilon Cytoplasmic Tail
要素T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / signaling protein / ITAM / TCR / CD3E / Membrane bound protein / Bicelle / Immunoglobulin domain / Membrane / Phosphoprotein / Receptor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte activation / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / T cell anergy / Downstream TCR signaling / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of T cell anergy / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation ...lymphocyte activation / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / T cell anergy / Downstream TCR signaling / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of T cell anergy / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell receptor complex / smoothened signaling pathway / positive regulation of interleukin-4 production / dendrite development / immunological synapse / T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / cerebellum development / negative regulation of smoothened signaling pathway / apoptotic signaling pathway / calcium-mediated signaling / positive regulation of T cell activation / SH3 domain binding / positive regulation of type II interferon production / transmembrane signaling receptor activity / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / cell body / dendritic spine / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsMouse CD3epsilon cytoplasmic tail containing one ITAM domain
データ登録者Xu, C. / Call, M.E. / Schwieters, C.D. / Schnell, J.R. / Gagnon, E.E. / Wucherpfennig, K.W. / Chou, J.J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: Regulation of T Cell Receptor Activation by Dynamic Membrane Binding of the CD3varepsilon Cytoplasmic Tyrosine-Based Motif.
著者: Xu, C. / Gagnon, E. / Call, M.E. / Schnell, J.R. / Schwieters, C.D. / Carman, C.V. / Chou, J.J. / Wucherpfennig, K.W.
履歴
登録2008年6月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3131
ポリマ－6,3131
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface antigen T3/Leu-4 epsilon chain


分子量: 6313.181 Da / 分子数: 1 / 断片: Cytoplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd3e / プラスミド: pET41a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22646

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Mouse CD3epsilon cytoplasmic tail containing one ITAM domain
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1323D HNCA
1423D HN(CA)CB
1513D 1H-15N NOESY
1613D 1H-15N TOCSY
1713D 1H-13C NOESY (Methyl)
1813D 1H-13C NOESY aromatic
1923D 1H-15N NOESY (NOEs to lipid)
11013D 1H-13C NOESY (double 13C-filtered)

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Mouse CD3e, 100 mM POPG, 125 mM [U-100% 2H] DHPC, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 90% 2H] Mouse CD3e, 100 mM POPG, 125 mM [U-100% 2H] DHPC, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMMouse CD3e[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100 mMPOPG1
125 mMDHPC[U-100% 2H]1
0.6 mMMouse CD3e[U-100% 13C; U-100% 15N; 90% 2H]2
100 mMPOPG2
125 mMDHPC[U-100% 2H]2
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.19Schwieters, C.D. et al.構造決定
X-PLOR NIH2.19Schwieters, C.D. et al.精密化
NMRPipe3Delaglio, F. et al.解析
NMRPipe3Delaglio, F. et al.peak picking
XEASY1.2Bartels, C. et al.データ解析
XEASY1.2Bartels, C. et al.chemical shift assignment
XEASY1.2Bartels, C. et al.peak picking
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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