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- PDB-2k4a: FGF-1-C2A binary complex structure: a key component in the fibrob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k4a
タイトルFGF-1-C2A binary complex structure: a key component in the fibroblast growthfactor non-classical pathway
要素
  • Heparin-binding growth factor 1
  • Synaptotagmin-1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / beta barrel / FGF1-C2A binary complex / Calcium / Cell junction / Cytoplasmic vesicle / Glycoprotein / Lipoprotein / Membrane / Metal-binding / Palmitate / Phosphoprotein / Synapse / Transmembrane / Acetylation / Angiogenesis / Developmental protein / Differentiation / Growth factor / Heparin-binding / Mitogen / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of regulated secretory pathway / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane ...Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / spontaneous neurotransmitter secretion / regulation of regulated secretory pathway / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / chromaffin granule membrane / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / regulation of endothelial tube morphogenesis / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / exocytic vesicle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / vesicle organization / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / protein heterooligomerization / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / positive regulation of dendrite extension / FGFR2b ligand binding and activation / vesicle docking / fibroblast growth factor receptor binding / regulation of exocytosis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / positive regulation of dopamine secretion / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / FGFR1b ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / vesicle fusion / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / dense core granule / calcium-dependent phospholipid binding / neuron projection terminus / membraneless organelle assembly / neurotransmitter secretion / S100 protein binding / presynaptic active zone / Neurexins and neuroligins / syntaxin-1 binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / Signaling by FGFR2 IIIa TM / clathrin binding / PI-3K cascade:FGFR3 / phosphatidylserine binding / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of sprouting angiogenesis / regulation of synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of cell division / PI3K Cascade / excitatory synapse / anatomical structure morphogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / activation of protein kinase B activity / detection of calcium ion / positive regulation of synaptic transmission / postsynaptic cytosol / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / presynaptic cytosol / FRS-mediated FGFR3 signaling / vesicle-mediated transport / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / neurogenesis / Signaling by FGFR2 in disease / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Signaling by FGFR1 in disease / extracellular matrix / positive regulation of endothelial cell migration / lung development
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain ...Synaptotagmin / HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 1 / Synaptotagmin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yu, C. / Mohan, S.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: FGF-1-C2A binary complex structure: key component in the acidic fibroblast growth factor release
著者: Mohan, S.K. / Yu, C.
履歴
登録2008年6月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptotagmin-1
B: Heparin-binding growth factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9022
ポリマ－29,9022
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Synaptotagmin-1 / Synaptotagmin I / SytI / p65 / C2A


分子量: 14783.882 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 domain, UNP residues 141-268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYT1, SVP65, SYT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21579
#2: タンパク質 Heparin-binding growth factor 1 / HBGF-1 / Acidic fibroblast growth factor / aFGF / Beta-endothelial cell growth factor / ECGF-beta


分子量: 15118.044 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF1, FGFA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05230

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 3D 13C(w2)-edited 12C(w2)-filtered NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.2mM FGF-1-C2A; 100% D2O / 溶媒系: 100% D2O
試料濃度: 1.2 mM / 構成要素: FGF-1-C2A
試料状態イオン強度: 50mM (NH4)2SO4 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AV800BrukerAV8008001
Bruker AV800BrukerAV80080013C-filter-NOESY

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2Linge, O'Donoghue, Nilges構造決定
HADDOCK2Alexandre Bonvin構造決定
SparkyGoddardchemical shift assignment
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
TALOSCornilescu, Delaglio, Baxfor dihedrals
HADDOCK2Alexandre Bonvin精密化
ARIA/CNSBRUNGER, ADAMS, CLORE, DELANO, GROS, GROSSE-KUNSTLEVE, JIANG, KUSZEWSKI, NILGES, PANNU, READ, RICE, SIMONSON,WARREN精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: HADDOCK
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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