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万見
- PDB-2k3r: Pfu Rpp21 structure and assignments -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k3r
タイトルPfu Rpp21 structure and assignments
要素Ribonuclease P protein component 4
キーワードHYDROLASE / Pfu Rpp21 / RNase P / tRNA processing
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P complex / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #20 / Ribonuclease P subunit RNP4 / Ribonuclease P subunit, Rpr2/Snm1/Rpp21 / RNAse P Rpr2/Rpp21/SNM1 subunit domain / N-terminal domain of TfIIb / Immunoglobulin FC, subunit C / Other non-globular / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease P protein component 4
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Amero, C.D. / Foster, M.P. / Boomershine, W.P. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Solution structure of Pyrococcus furiosus RPP21, a component of the archaeal RNase P holoenzyme, and interactions with its RPP29 protein partner.
著者: Amero, C.D. / Boomershine, W.P. / Xu, Y. / Foster, M.
履歴
登録2008年5月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease P protein component 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9882
ポリマ－14,9221
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease P protein component 4 / RNase P component 4


分子量: 14922.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: rnp4, PF1613 / プラスミド: pET-33b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U0H6, ribonuclease P
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HNCA
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D 1H-15N TOCSY
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1933D 1H-13C NOESY
11013D HBHA(CO)NH
11113D (H)CCH-COSY
11213D (H)CCH-TOCSY
11322D 1H-15N HSQC
11423D HNCO
11523D HNCA
11623D HN(CA)CB
11723D CBCA(CO)NH
11842D 1H-15N HSQC
11943D HNCO
12043D HNCA
12143D HN(CA)CB
12243D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
110 mM [U-99% 2H] TRIS, 10 mM potassium chloride, 0.02 % sodium azide, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rpp21, 0.3 mM ZINC chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
210 mM [U-99% 2H] TRIS, 10 mM potassium chloride, 0.02 % sodium azide, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rpp21, 0.3 mM ZINC chloride, 0.5 mM Rpp29, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
310 mM [U-99% 2H] TRIS, 10 mM potassium chloride, 0.02 % sodium azide, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rpp21, 0.3 mM ZINC chloride, 100% D2O100% D2O
410 mM [U-99% 2H] TRIS, 10 mM potassium chloride, 0.02 % sodium azide, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rpp21, 0.3 mM cobalt chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMTRIS[U-99% 2H]1
10 mMpotassium chloride1
0.02 %sodium azide1
1 mMRpp21[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.3 mMZINC chloride1
10 mMTRIS[U-99% 2H]2
10 mMpotassium chloride2
0.02 %sodium azide2
0.5 mMRpp21[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.3 mMZINC chloride2
0.5 mMRpp292
10 mMTRIS[U-99% 2H]3
10 mMpotassium chloride3
0.02 %sodium azide3
1 mMRpp21[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.3 mMZINC chloride3
10 mMTRIS[U-99% 2H]4
10 mMpotassium chloride4
0.02 %sodium azide4
1 mMRpp21[U-100% 13C; U-100% 15N]4
0.3 mMcobalt chloride4
試料状態イオン強度: 10 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 323 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientific構造決定
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrich構造決定
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1352 / NOE intraresidue total count: 515 / NOE long range total count: 302 / NOE medium range total count: 154 / NOE sequential total count: 381
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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