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万見
- PDB-2k3m: Rv1761c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k3m
タイトルRv1761c
要素Rv1761c
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PROTEIN / integral membrane protein
機能・相同性Protein of unknown function DUF5073 / Domain of unknown function (DUF5073) / membrane / Chem-MTN / Possible exported protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsintegral membrane protein
データ登録者Page, R.C. / Moore, J.D. / Lee, S. / Opella, S.J. / Cross, T.A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Backbone structure of a small helical integral membrane protein: A unique structural characterization.
著者: Page, R.C. / Lee, S. / Moore, J.D. / Opella, S.J. / Cross, T.A.
履歴
登録2008年5月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32021年10月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rv1761c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0294
ポリマ－16,2351
非ポリマー7933
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Rv1761c


分子量: 16235.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv
解説: ligation independent cloning vector producing N-terminal His6 tag
遺伝子: MT1810, Rv1761c / プラスミド: pTBSG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O06796
#2: 化合物 ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL


分子量: 264.385 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18NO3S2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: integral membrane protein
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1142D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1322D 1H-15N HSQC
1432D 1H-15N HSQC
1543D HNCO
1643D HNCA
1743D HN(CA)CB
1843D HN(CO)CA
1943D CBCA(CO)NH
11052D 1H-15N HSQC
11152D 1H-15N HSQC
11253D 1H-15N NOESY
11362D 1H-15N HSQC-IPAP
11472D 1H-15N HSQC-IPAP

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4 mM [U-100% 15N] Rv1761c, 0.4 mM CYSP, 10 % D2O, 90 % H2O, 20 mM sodium acetate, 150 mM DPC, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.4 mM [U-100% 15N] Rv1761c, 0.4 mM CYSP, 10 % D2O, 90 % H2O, 20 mM sodium acetate, 150 mM DPC, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.4 mM [U-100% 15N] Rv1761c, 0.4 mM CYSP, 10 % D2O, 90 % H2O, 20 mM sodium acetate, 150 mM DPC, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rv1761c, 10 % D2O, 90 % H2O, 20 mM sodium acetate, 150 mM DPC, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
51 mM [U-100% 15N] Rv1761c, 10 % D2O, 90 % H2O, 20 mM sodium acetate, 150 mM DPC, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
61 mM [U-100% 15N] Rv1761c, 10 % D2O, 90 % H2O, 20 mM sodium acetate, 150 mM DPC, 5 % polyacrylamide gel, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
71 mM [U-100% 15N] Rv1761c, 10 % D2O, 90 % H2O, 20 mM sodium acetate, 150 mM DPC, 4.4 % polyacrylamide gel, 1.1 % 2-acrylamido-2-methyl-1-propanesulfonic acid, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMRv1761c[U-100% 15N]1
0.4 mMCYSP1
10 %D2O1
90 %H2O1
20 mMsodium acetate1
150 mMDPC1
0.4 mMRv1761c[U-100% 15N]2
0.4 mMCYSP2
10 %D2O2
90 %H2O2
20 mMsodium acetate2
150 mMDPC2
0.4 mMRv1761c[U-100% 15N]3
0.4 mMCYSP3
10 %D2O3
90 %H2O3
20 mMsodium acetate3
150 mMDPC3
1 mMRv1761c[U-100% 13C; U-100% 15N]4
10 %D2O4
90 %H2O4
20 mMsodium acetate4
150 mMDPC4
1 mMRv1761c[U-100% 15N]5
10 %D2O5
90 %H2O5
20 mMsodium acetate5
150 mMDPC5
1 mMRv1761c[U-100% 15N]6
10 %D2O6
90 %H2O6
20 mMsodium acetate6
150 mMDPC6
5 %polyacrylamide gel6
1 mMRv1761c[U-100% 15N]7
10 %D2O7
90 %H2O7
20 mMsodium acetate7
150 mMDPC7
4.4 %polyacrylamide gel7
1.1 %2-acrylamido-2-methyl-1-propanesulfonic acid7
試料状態イオン強度: 170 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 323 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA7203
Varian AvanceVarianAVANCE9004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
X-PLOR NIH2.18Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.18Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
VNMRVarianchemical shift assignment
XwinNMRBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 105 / Protein psi angle constraints total count: 105
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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