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万見
- PDB-2k3i: Solution NMR structure of protein yiiS from Shigella flexneri. No... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k3i
タイトルSolution NMR structure of protein yiiS from Shigella flexneri. Northeast Structural Genomics Consortium target SfR90
要素Uncharacterized protein yiiS
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / GFT NMR / Protein structure / PSI / NESG / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


Conserved hypothetical protein CHP00743 / Protein of unknown function (DUF406) / Alpha-Beta Plaits - #860 / UPF0234-like, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF406 domain-containing protein / DUF406 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Mills, J.L. / Singarapu, K.K. / Eletsky, A. / Sukumaran, D.K. / Wang, D. / Jiang, M. / Ciccosanti, C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Mills, J.L. / Singarapu, K.K. / Eletsky, A. / Sukumaran, D.K. / Wang, D. / Jiang, M. / Ciccosanti, C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Solution NMR structures of proteins VPA0419 from Vibrio parahaemolyticus and yiiS from Shigella flexneri provide structural coverage for protein domain family PFAM 04175.
著者: Singarapu, K.K. / Mills, J.L. / Xiao, R. / Acton, T. / Punta, M. / Fischer, M. / Honig, B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2008年5月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月7日Group: Structure summary
改定 1.32014年4月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.42020年2月19日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein yiiS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0311
ポリマ－12,0311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein yiiS


分子量: 12030.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a (フレクスナー赤痢菌)
株: Serotype 2a / 遺伝子: yiiS, S3747, SF4000 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q83IT9, UniProt: A0A384LB29*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1414,3 D GFT HNNACBCA
1514,3 D GFT CABCACONHN
1614,3D HABCAB(CO)NHN
1714,3D GFT (H)CCH COSY
1813D (H)CCH-COSY
1913D simNOESY
11022D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SfR90, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.02 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] SfR90, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMSfR90[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 uMDSS1
1.02 mMSfR90[U-5% 13C; U-100% 15N]2
50 uMDSS2
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VnmrJVariancollection
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
PSVSBhattacharya and Montelione構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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