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万見
- PDB-2k2w: Second BRCT domain of NBS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k2w
タイトルSecond BRCT domain of NBS1
要素Recombination and DNA repair protein
キーワードCELL CYCLE / BRCT domain / DNA repair / Cell cycle checkpoint
機能・相同性
機能・相同性情報


Mre11 complex / protection from non-homologous end joining at telomere / metaphase chromosome alignment / R-loop processing / regulation of fibroblast proliferation / phosphorylation-dependent protein binding / DNA strand resection involved in replication fork processing / nuclear inclusion body / DNA double-strand break processing / chromatin-protein adaptor activity ...Mre11 complex / protection from non-homologous end joining at telomere / metaphase chromosome alignment / R-loop processing / regulation of fibroblast proliferation / phosphorylation-dependent protein binding / DNA strand resection involved in replication fork processing / nuclear inclusion body / DNA double-strand break processing / chromatin-protein adaptor activity / protein localization to site of double-strand break / isotype switching / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / telomere maintenance in response to DNA damage / telomere maintenance / protein serine/threonine kinase activator activity / meiotic cell cycle / double-strand break repair via homologous recombination / PML body / double-strand break repair / site of double-strand break / DNA-binding transcription factor binding / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region
類似検索 - 分子機能
Nibrin, BRCT2 domain / Nibrin, C-terminal / Nibrin / DNA damage repair protein Nbs1 / DNA damage repair protein Nbs1 / Nibrin, second BRCT domain / Nibrin, second BRCT domain superfamily / Second BRCT domain on Nijmegen syndrome breakage protein / Nibrin-related / Forkhead associated domain ...Nibrin, BRCT2 domain / Nibrin, C-terminal / Nibrin / DNA damage repair protein Nbs1 / DNA damage repair protein Nbs1 / Nibrin, second BRCT domain / Nibrin, second BRCT domain superfamily / Second BRCT domain on Nijmegen syndrome breakage protein / Nibrin-related / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Xu, C. / Cui, G. / Botuyan, M. / Mer, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of a second BRCT domain identified in the nijmegen breakage syndrome protein Nbs1 and its function in an MDC1-dependent localization of Nbs1 to DNA damage sites.
著者: Xu, C. / Wu, L. / Cui, G. / Botuyan, M.V. / Chen, J. / Mer, G.
履歴
登録2008年4月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Recombination and DNA repair protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2371
ポリマ－13,2371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Recombination and DNA repair protein


分子量: 13237.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: NBS1 / プラスミド: pT7.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q6EKW1, UniProt: Q6XV80*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D CBCA(CO)NH
1423D HN(CA)CB
1523D HBHA(CO)NH
1623D HNCO
1723D HCACO
1823D H(CCO)NH
1923D C(CO)NH
11023D HN(CA)CB
11123D (H)CCH-COSY
11223D CCH-COSY
11323D CCH-TOCSY
11413D 1H-15N NOESY
11513D 1H-15N TOCSY
11623D 1H-13C NOESY aliphatic
11722D (HB)CB(CGCD)HD
11823D 1H-13C AROMATIC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 50 mM glutamic acid, 50 mM arginine, 0.3-0.5 mM [U-100% 15N] protein, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
220 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 50 mM glutamic acid, 50 mM arginine, 0.3-0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphate1
50 mMsodium chloride1
50 mMglutamic acid1
50 mMarginine1
0.3 mMentity[U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate2
50 mMsodium chloride2
50 mMglutamic acid2
50 mMarginine2
0.3 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
TALOSWishartデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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