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万見
- PDB-2k2i: NMR Solution structure of the C-terminal domain (T94-Y172) of the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k2i
タイトルNMR Solution structure of the C-terminal domain (T94-Y172) of the human centrin 2 in complex with a repeat sequence of human Sfi1 (R641-T660)
要素
  • Centrin-2
  • SFI1 peptide
キーワードCELL CYCLE / Centrin 2 / Sfi1 / Human / Cell division / Mitosis / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary basal body-plasma membrane docking / negative regulation of phosphatase activity / XPC complex / 9+2 motile cilium / photoreceptor connecting cilium / heterotrimeric G-protein binding / transcription export complex 2 / nuclear pore nuclear basket / centriole replication / phosphatase binding ...ciliary basal body-plasma membrane docking / negative regulation of phosphatase activity / XPC complex / 9+2 motile cilium / photoreceptor connecting cilium / heterotrimeric G-protein binding / transcription export complex 2 / nuclear pore nuclear basket / centriole replication / phosphatase binding / mRNA transport / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / centriole / AURKA Activation by TPX2 / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / nucleotide-excision repair / DNA Damage Recognition in GG-NER / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Formation of Incision Complex in GG-NER / G2/M transition of mitotic cell cycle / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / protein transport / apical part of cell / mitotic cell cycle / spermatogenesis / microtubule binding / cell division / centrosome / calcium ion binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein SFI1 homologue / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein SFI1 homolog / Centrin-2 / Protein SFI1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Martinez-Sanz, J. / Assairi, L. / Blouquit, Y. / Duchambon, P. / Mouawad, L. / Craescu, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure, dynamics and thermodynamics of the human centrin 2/hSfi1 complex
著者: Martinez-Sanz, J. / Kateb, F. / Assairi, L. / Blouquit, Y. / Bodenhausen, G. / Abergel, D. / Mouawad, L. / Craescu, C.T.
履歴
登録2008年4月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年7月1日Group: Atomic model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrin-2
B: SFI1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6162
ポリマ－11,6162
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 500
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Centrin-2 / Caltractin isoform 1


分子量: 9234.317 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 94-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CETN2, CALT, CEN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41208
#2: タンパク質・ペプチド SFI1 peptide


分子量: 2381.695 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 610-629 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide is chemically synthesized. It is found naturally in humans.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5W1B5, UniProt: A8K8P3*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D DQF-COSY
1332D 1H-1H TOCSY
1432D 1H-1H NOESY
1523D HNCA
1623D HN(CO)CA
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-15N TOCSY
1942D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] C-HsCen2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] C-HsCen2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31 mM C-HsCen2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
41 mM C-HsCen2, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMC-HsCen2[U-100% 15N]1
1 mMC-HsCen2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1 mMC-HsCen23
1 mMC-HsCen24
試料状態イオン強度: 200 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityVarianUNITY5001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix2000.1Accelrys, inc.chemical shift assignment
Felix2000.1Accelrys, inc.peak picking
Discover_molecular_modeling_system2.98Accelrys Inc.データ解析
Discover_molecular_modeling_system2.98Accelrys Inc.geometry optimization
Discover_molecular_modeling_system2.98Accelrys Inc.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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