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万見
- PDB-2k1k: NMR structures of dimeric transmembrane domain of the receptor ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k1k
タイトルNMR structures of dimeric transmembrane domain of the receptor tyrosine kinase EphA1 in lipid bicelles at pH 4.3
要素Ephrin type-A receptor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / EphA1 / receptor tyrosine kinase / dimeric transmembrane domain / ATP-binding / Glycoprotein / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Transferase / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / activation of GTPase activity / EPH-Ephrin signaling / regulation of GTPase activity / positive regulation of cell-matrix adhesion / EPHA-mediated growth cone collapse / fibronectin binding / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / positive regulation of stress fiber assembly / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity ...POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / activation of GTPase activity / EPH-Ephrin signaling / regulation of GTPase activity / positive regulation of cell-matrix adhesion / EPHA-mediated growth cone collapse / fibronectin binding / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / positive regulation of stress fiber assembly / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / negative regulation of cell migration / negative regulation of protein kinase activity / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of angiogenesis / protein autophosphorylation / angiogenesis / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ephrin type-A receptor 1, ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain ...Ephrin type-A receptor 1, ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. / Ephrin receptor ligand binding domain / Putative ephrin-receptor like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 2. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ephrin type-A receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mayzel, M.L. / Bocharov, E.V. / Arseniev, A.S. / Goncharuk, M.V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Spatial Structure and pH-dependent Conformational Diversity of Dimeric Transmembrane Domain of the Receptor Tyrosine Kinase EphA1
著者: Bocharov, E.V. / Mayzel, M.L. / Volynsky, P.E. / Goncharuk, M.V. / Ermolyuk, Y.S. / Schulga, A.A. / Artemenko, E.O. / Efremov, R.G. / Arseniev, A.S.
履歴
登録2008年3月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ephrin type-A receptor 1
B: Ephrin type-A receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7892
ポリマ－7,7892
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Ephrin type-A receptor 1 / Tyrosine-protein kinase receptor EPH / EphA1


分子量: 3894.700 Da / 分子数: 2 / 断片: Transmembrane region, UNP residues 536-573 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21709

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CO)CA
1613D (H)CCH-TOCSY
1723D HNHA
1823D HNHB
1923D 1H-15N NOESY
11023D 1H-15N TOCSY
11113D 1H-13C NOESY
112313C F1-filtered/F3-edited-NOESY
113215N-T1
114215N-T2
115215N-NOE
21622D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13mM 15N,13C EphA1_TM; 96mM 2H DHPC; 24mM 2H DMPC; 1.5mM NaN3; 1mM EDTA; 10mM phosphate buffer; 100% D2O100% D2O
23mM 15N,13C EphA1_TM; 96mM 2H DHPC; 24mM 2H DMPC; 1.5mM NaN3; 1mM EDTA; 10mM phosphate buffer; 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.5mM 15N,13C EphA1_TM; 96mM 2H DHPC; 24mM 2H DMPC; 1.5mM NaN3; 1mM EDTA; 10mM phosphate buffer; 1.5mM EphA1_TM; 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
3 mMEphA1_TM 15N,13C15N, 13C1
96 mMDHPC2H1
24 mMDMPC2H1
1.5 mMNaN31
1 mMEDTA1
10 mMphosphate buffer1
3 mMEphA1_TM 15N15N, 13C2
96 mMDHPC2H2
24 mMDMPC2H2
1.5 mMNaN32
1 mMEDTA2
10 mMphosphate buffer2
1.5 mMEphA1_TM 15N,13C15N, 13C3
96 mMDHPC2H3
24 mMDMPC2H3
1.5 mMNaN33
1 mMEDTA3
10 mMphosphate buffer3
1.5 mMEphA1_TM3
試料状態
Conditions-IDpH温度 (K)
14.3313 K
26.3313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Unity / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARA1.5.5, 1.8Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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