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万見
- PDB-2k1j: Plan homeodomain finger of tumour supressor ING4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k1j
タイトルPlan homeodomain finger of tumour supressor ING4
要素Inhibitor of growth protein 4
キーワードGENE REGULATION / PHD / Zn / Acetylation / Alternative splicing / Anti-oncogene / Cell cycle / Coiled coil / Metal-binding / Nucleus / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication-dependent chromatin disassembly / regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of growth / intermediate filament cytoskeleton / histone H3K4me3 reader activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / protein acetylation / : / histone acetyltransferase complex ...DNA replication-dependent chromatin disassembly / regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of growth / intermediate filament cytoskeleton / histone H3K4me3 reader activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / protein acetylation / : / histone acetyltransferase complex / regulation of cell growth / HATs acetylate histones / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inhibitor of growth protein, N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / ING family / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger ...Inhibitor of growth protein, N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / ING family / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inhibitor of growth protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Palacios, A. / Garcia, P. / Padro, D. / Lopez-Hernandez, E. / Blanco, F.J.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2006
タイトル: Solution structure and NMR characterization of the binding to methylated histone tails of the plant homeodomain finger of the tumour suppressor ING4.
著者: Palacios, A. / Garcia, P. / Padro, D. / Lopez-Hernandez, E. / Martin, I. / Blanco, F.J.
履歴
登録2008年3月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年4月15日ID: 2JMQ
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inhibitor of growth protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4563
ポリマ－7,3251
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 250structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Inhibitor of growth protein 4 / p29ING4


分子量: 7325.476 Da / 分子数: 1 / 断片: PHD-type zinc-finger, UNP residues 188-249 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ING4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9UNL4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D H(CCO)NH
1633D HNHA
1733D HNHB
1833D 1H-15N NOESY
1933D 1H-15N TOCSY
11013D 1H-13C NOESY
11123D (H)CCH-TOCSY
11213D HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM [U-95% 13C; U-90% 15N] Plant Homeodomain of ING4, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
21.2 mM [U-95% 13C; U-90% 15N] Plant Homeodomain of ING4, 100% D2O100% D2O
30.9 mM [U-90% 15N] Plant Homeodomain of ING4, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMPlant Homeodomain of ING4[U-95% 13C; U-90% 15N]1
1.2 mMPlant Homeodomain of ING4[U-95% 13C; U-90% 15N]2
0.9 mMPlant Homeodomain of ING4[U-90% 15N]3
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber7Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Koll精密化
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
XwinNMRBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 8 / Protein phi angle constraints total count: 30 / Protein psi angle constraints total count: 17
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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