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- PDB-1irz: Solution structure of ARR10-B belonging to the GARP family of pla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1irz
タイトルSolution structure of ARR10-B belonging to the GARP family of plant Myb-related DNA binding motifs of the Arabidopsis response regulators
要素ARR10-B
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Helix-turn-Helix
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to cytokinin stimulus / regulation of cytokinin-activated signaling pathway / regulation of seed growth / callus formation / regulation of anthocyanin metabolic process / primary root development / maintenance of shoot apical meristem identity / shoot system development / regulation of root meristem growth / response to cytokinin ...cellular response to cytokinin stimulus / regulation of cytokinin-activated signaling pathway / regulation of seed growth / callus formation / regulation of anthocyanin metabolic process / primary root development / maintenance of shoot apical meristem identity / shoot system development / regulation of root meristem growth / response to cytokinin / regulation of chlorophyll biosynthetic process / cytokinin-activated signaling pathway / root development / response to water deprivation / phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Response regulator B-type, plant / Two-component response regulator ARR-like / Myb domain, plants / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...Response regulator B-type, plant / Two-component response regulator ARR-like / Myb domain, plants / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Homeodomain-like / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Two-component response regulator ARR10
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
データ登録者Yamazaki, T. / Katoh, E. / Hosoda, K. / Mizuno, T.
引用ジャーナル: PLANT CELL / 年: 2003
タイトル: Molecular structure of the GARP family of plant Myb-related DNA binding motifs of the Arabidopsis response regulators
著者: Hosoda, K. / Imamura, A. / Katoh, E. / Hatta, T. / Tachiki, M. / Yamada, H. / Mizuno, T. / Yamazaki, T.
履歴
登録2001年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARR10-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3851
ポリマ－7,3851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 50structures with lowest energies
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 ARR10-B / receiver-like protein 4 / ARP4


分子量: 7384.758 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: pET22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O49397

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1224D 13C-separated NOESY
132(H)CCH-TOCSY
141CBCA(CO)NH
151HNCO
161HNCA
NMR実験の詳細Text: The structure was determined by multidimensional heteronuclear NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM ARR10-B[U-15N,13C]; 50mM sodium phosphate buffer 500mM NaCl90% H2O/10% D2O
21mM ARR10-B[U-15N,13C]; 50mM sodium phosphate buffer 500mM NaCl100% D2O
試料状態イオン強度: 500mM NaCl / pH: 6.9 / 圧: ambient / 温度: 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1.8Frank Delaglio解析
X-PLOR3.1Brunger精密化
PIPP/CAPP/STAPP4.3.2Dan Garrettデータ解析
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with lowest energies
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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