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万見
- PDB-2k19: NMR solution structure of PisI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k19
タイトルNMR solution structure of PisI
要素Putative piscicolin 126 immunity protein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / PisI / immunity protein / bacteriocin / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性de novo design (two linked rop proteins) - #140 / : / Lactococcin-A immunity protein-like / Enterocin A Immunity / bacteriocin immunity / de novo design (two linked rop proteins) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Putative piscicolin 126 immunity protein
機能・相同性情報
生物種Carnobacterium maltaromaticum (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailssolution stucture of PisI, bacteriocin immunity protein
データ登録者Martin-Visscher, L.A. / Sprules, T. / Gursky, L.J. / Vederas, J.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Nuclear magnetic resonance solution structure of PisI, a group B immunity protein that provides protection against the type IIa bacteriocin piscicolin 126, PisA.
著者: Martin-Visscher, L.A. / Sprules, T. / Gursky, L.J. / Vederas, J.C.
履歴
登録2008年2月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative piscicolin 126 immunity protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1981
ポリマ－11,1981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Putative piscicolin 126 immunity protein


分子量: 11197.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carnobacterium maltaromaticum (バクテリア)
株: UAL26 / 遺伝子: pisI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2VU68

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: solution stucture of PisI, bacteriocin immunity protein
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1223D CBCA(CO)NH
1323D HN(CA)CB
1423D H(CCO)NH
1523D (H)CCH-TOCSY
1633D HNHA
1733D 1H-15N NOESY
1823D 1H-15N TOCSY
1913D 1H-13C NOESY
11013D (H)CCH-COSY
11122D NNOE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PisI, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM sodium azide, 0.05 mM DSS, 100% D2O100% D2O
20.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PisI, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM sodium azide, 0.05 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM [U-99% 15N] PisI, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM sodium azide, 0.05 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMPisI[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphate1
1 mMEDTA1
1 mMsodium azide1
.05 mMDSS1
0.5 mMPisI[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphate2
1 mMEDTA2
1 mMsodium azide2
.05 mMDSS2
0.5 mMPisI[U-99% 15N]3
20 mMsodium phosphate3
1 mMEDTA3
1 mMsodium azide3
.05 mMDSS3
試料状態pH: 5.9 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
VnmrJ1.1DVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: CANDID module for automatic peak assignment, with default parameters used.
NMR constraintsNOE constraints total: 1725 / NOE intraresidue total count: 553 / NOE long range total count: 286 / NOE medium range total count: 444 / NOE sequential total count: 442
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 0.17 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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