PDB-2k10: Confirmational analysis of the broad-spectrum antibacterial pepti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2k10

タイトル

Confirmational analysis of the broad-spectrum antibacterial peptide, rantuerin-2csa: identification of a full length helix-turn-helix motif

要素

ranatuerin-2csa

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / MOLECULAR MODELLING / HELIX-TURN-HELIX / DISULFIDE BOND / ANTIMICROBIAL PEPTIDE

機能・相同性

Frog antimicrobial peptide, brevinin-2/esculentin type / Frog antimicrobial peptide / other organism cell membrane / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region / membrane / Ranatuerin-2CSa

機能・相同性情報

生物種

Rana cascadae (カエル)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, Conjugated gradient minimization, Powell minimization

データ登録者

Hewage, C.M. / Subasinghage, A.P. / Conlon, M.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2008
タイトル: Conformational analysis of the broad-spectrum antibacterial peptide, ranatuerin-2CSa: Identification of a full length helix-turn-helix motif.
著者: Subasinghage, A.P. / Conlon, J.M. / Hewage, C.M.

履歴

登録	2008年2月19日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年12月25日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2k10.cif.gz	188.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2k10.ent.gz	156.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2k10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/2k10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/2k10	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2kfe-d 2khf-d 2ls9-d 1d9j-d 1z64-d 2l9a-d 8tfv-d 1y4e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ranatuerin-2csa

3.26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	ranatuerin-2csa 分子量: 3255.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rana cascadae (カエル) / 参照: UniProt: V9GZ92*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 1.5-2.0 mM Peptide, 1:1 mixture of TFE-d3 and H2O / 溶媒系: 1:1 mixture of TFE-d3 and H2O
試料	濃度: 1.5 mM / 構成要素: Peptide
試料状態	pH: 3.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker Biospin	collection
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	解析
SYBYL	6.8.1	Tripos	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, Conjugated gradient minimization, Powell minimization
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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