[日本語] English
万見
- PDB-2jzh: structure of IIB domain of the mannose transporter of E. coli -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jzh
タイトルstructure of IIB domain of the mannose transporter of E. coli
要素PTS system mannose-specific EIIAB component
キーワードTRANSFERASE / Mannose specific PTS system IIAB / IIB domain / IIBMan phosphotransferase enzyme II / B component / Cytoplasm / Membrane / Phosphoprotein / Phosphotransferase system / Sugar transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-Npi-phosphohistidine-D-mannose phosphotransferase / mannose transmembrane transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-mannose phosphotransferase system transporter activity / glucose import across plasma membrane / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / kinase activity / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane ...protein-Npi-phosphohistidine-D-mannose phosphotransferase / mannose transmembrane transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-mannose phosphotransferase system transporter activity / glucose import across plasma membrane / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / kinase activity / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, mannose family IIA component / : / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component, subgroup / Fructose Permease / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component superfamily / PTS system sorbose subfamily IIB component / PTS_EIIB type-4 domain profile. / PTS system mannose/sorbose specific IIA subunit ...Phosphotransferase system, mannose family IIA component / : / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component, subgroup / Fructose Permease / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component superfamily / PTS system sorbose subfamily IIB component / PTS_EIIB type-4 domain profile. / PTS system mannose/sorbose specific IIA subunit / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component superfamily / PTS system fructose IIA component / PTS_EIIA type-4 domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS system mannose-specific EIIAB component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing in torsion angle space
Model type detailsminimized average
データ登録者Komlosh, M. / Williams Jr., D.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Solution NMR Structures of Productive and Non-productive Complexes between the A and B Domains of the Cytoplasmic Subunit of the Mannose Transporter of the Escherichia coli Phosphotransferase System.
著者: Hu, J. / Hu, K. / Williams, D.C. / Komlosh, M.E. / Cai, M. / Clore, G.M.
履歴
登録2008年1月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PTS system mannose-specific EIIAB component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1191
ポリマ－19,1191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 130all calculated structures
代表モデルモデル #1minimized average structure

-
要素

#1: タンパク質 PTS system mannose-specific EIIAB component / EIIAB-Man / Mannose-specific phosphotransferase enzyme IIB component / PTS system mannose-specific ...EIIAB-Man / Mannose-specific phosphotransferase enzyme IIB component / PTS system mannose-specific EIIB component


分子量: 19119.258 Da / 分子数: 1 / 断片: PTS EIIB type-4 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: manX, gptB, ptsL / プラスミド: pET32a modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P69797, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D (H)CCH-TOCSY
1213D (H)CCH-COSY
1313D 1H-13C NOESY
1422D 1H-15N HSQC
1523D 1H-15N NOESY
1623D CBCA(CO)NH
1723D C(CO)NH
1823D HN(CA)CB
1923D HBHA(CO)NH
11023D H(CCO)NH
NMR実験の詳細Text: Double and triple resonance 3D NMR experiments for assignments (HNCACB, CBCA(CO)NH, HBHA(CBCACO)NH, C(CCO)NH, H(CCO)NH, HCCH-COSY, HCCH-TOCSY). NOE-derived interproton distance restrants from ...Text: Double and triple resonance 3D NMR experiments for assignments (HNCACB, CBCA(CO)NH, HBHA(CBCACO)NH, C(CCO)NH, H(CCO)NH, HCCH-COSY, HCCH-TOCSY). NOE-derived interproton distance restrants from 3D 15N-, 13C-, 13C/15M-, 13C/13C, and 15N/15N-separated NOE spectra. Side chain rotamers from 3H heteronuclear couplings and short mixing time 3D 13C-separated NOE and 3D 15N-seaparated ROE spectra. RDCs obtained by taking difference in J couplings in aligned (phage pf1 and PEG/hexanol) and isotopic media.

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, sodium phosphate, sodium azide, 100% D2O100% D2O
20.5-1 mM [U-100% 15N] protein, sodium phosphate, sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMsodium phosphate, sodium azide[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.5 mMsodium phosphate, sodium azide[U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002
Bruker DRXBrukerDRX5003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
PIPPGarrett and Clorechemical shift assignment
PIPPGarrett and Cloreデータ解析
X-PLOR NIH2.18.1Schwieters, Kuszewski and Clore精密化
CAPPGarrett and Clorechemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing in torsion angle space / ソフトェア番号: 1
詳細: RMS DEVIATION FROM EXPERIMENTAL RESTRAINTS (NUNMER OF RESTRAINTS IN PARENTHESES): INTERPROTON DISTANCES (A) (1577) 0.008, TORSION ANGLES (DEG) (478) 0.26, 13CALPHA SHIFTS (PPM) (161) 1.25, ...詳細: RMS DEVIATION FROM EXPERIMENTAL RESTRAINTS (NUNMER OF RESTRAINTS IN PARENTHESES): INTERPROTON DISTANCES (A) (1577) 0.008, TORSION ANGLES (DEG) (478) 0.26, 13CALPHA SHIFTS (PPM) (161) 1.25, 13CBETA SHIFTS (PPM) (158) 1.23. RDC R-factors (%): PHAGE 1DNH (151) 4.2, PHAGE 1DNC' (113) 18.2, PHAGE 2DHNC' (113) 16.5, PEG/HEXANOL 1DNH (141) 6.0, PEG/HEXANOL 1DNC' (96) 25.8, PEG/HEXANOL 2DHNC' (103) 23.5.
NMR constraintsNOE constraints total: 1467 / NOE intraresidue total count: 451 / NOE long range total count: 339 / NOE medium range total count: 270 / NOE sequential total count: 407 / Protein chi angle constraints total count: 108 / Protein other angle constraints total count: 53 / Protein phi angle constraints total count: 160 / Protein psi angle constraints total count: 157
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures
計算したコンフォーマーの数: 130 / 登録したコンフォーマーの数: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.006 Å / Distance rms dev error: 0.001 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る