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万見
- PDB-3bxl: Crystal structure of the R-type calcium channeL (CaV2.3) IQ domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bxl
タイトルCrystal structure of the R-type calcium channeL (CaV2.3) IQ domain and CA2+calmodulin complex
要素
  • Calmodulin
  • Voltage-dependent R-type calcium channel subunit alpha-1E peptide
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SIGNALING PROTEIN / ION CHANNEL / CALMODULIN / CALCIUM CHANNEL / IQ DOMAIN / FACILLITATION / INACTIVATION / CALCIUM-DEPENDENT / VOLTAGE-GATED / ROBETTA / SIMULATIONS / Acetylation / Methylation / Phosphoprotein / Ubl conjugation / Calcium transport / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Transmembrane / Transport / Voltage-gated channel
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of somatostatin secretion / low voltage-gated calcium channel activity / voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / regulation of store-operated calcium channel activity / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / Regulation of insulin secretion / : / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / regulation of response to tumor cell ...regulation of somatostatin secretion / low voltage-gated calcium channel activity / voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / regulation of store-operated calcium channel activity / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / Regulation of insulin secretion / : / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / : / : / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / : / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / flagellated sperm motility / fear response / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / calcium ion import / nervous system process / voltage-gated monoatomic cation channel activity / positive regulation of DNA binding / voltage-gated calcium channel complex / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / response to pain / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / regulation of cardiac muscle cell action potential / presynaptic endocytosis / nitric-oxide synthase binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcineurin-mediated signaling / transmission of nerve impulse / behavioral response to pain / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / calcium ion import across plasma membrane / protein phosphatase activator activity / adenylate cyclase binding / catalytic complex / regulation of synaptic vesicle endocytosis / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / postsynaptic cytosol / behavioral fear response / voltage-gated calcium channel activity / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to interferon-beta / calcium channel inhibitor activity / phosphatidylinositol 3-kinase binding / presynaptic cytosol / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / titin binding / enzyme regulator activity / sperm midpiece / regulation of calcium-mediated signaling / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / sensory perception of pain / calcium channel complex / regulation of heart rate / calyx of Held / adenylate cyclase activator activity / response to amphetamine / sarcomere / regulation of cytokinesis / protein serine/threonine kinase activator activity / nitric-oxide synthase regulator activity / spindle microtubule / calcium channel regulator activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Regulation of insulin secretion / locomotory behavior / establishment of localization in cell / calcium-mediated signaling / response to calcium ion / calcium ion transmembrane transport / visual learning / GABA-ergic synapse / cellular response to type II interferon / G2/M transition of mitotic cell cycle / Schaffer collateral - CA1 synapse / spindle pole / calcium-dependent protein binding / disordered domain specific binding / calcium ion transport / glucose homeostasis / myelin sheath / growth cone / presynaptic membrane / protein autophosphorylation / vesicle
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, R-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / : / Voltage-dependent channel domain superfamily / : ...Voltage-dependent calcium channel, R-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / : / Voltage-dependent channel domain superfamily / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Calmodulin-1 / Voltage-dependent R-type calcium channel subunit alpha-1E / Voltage-dependent R-type calcium channel subunit alpha-1E
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mori, M.X. / Vander Kooi, C.W. / Leahy, D.J. / Yue, D.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the CaV2 IQ domain in complex with Ca2+/calmodulin
著者: Mori, M.X. / Vander Kooi, C.W. / Leahy, D.J. / Yue, D.T.
履歴
登録2008年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin
B: Voltage-dependent R-type calcium channel subunit alpha-1E peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7048
ポリマ－19,3522
非ポリマー3526
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
手法PISA
2
A: Calmodulin
B: Voltage-dependent R-type calcium channel subunit alpha-1E peptide
ヘテロ分子

A: Calmodulin
B: Voltage-dependent R-type calcium channel subunit alpha-1E peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,40816
ポリマ－38,7034
非ポリマー70512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545x,-y-1/2,-z+1/41
Buried area8220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.606, 124.606, 74.024
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-153-

SO4

21A-170-

HOH

31A-199-

HOH

41A-221-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Calmodulin / CaM


分子量: 16721.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Calm1, Calm, Cam, Cam1 / プラスミド: PET24B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62161, UniProt: P0DP29*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Voltage-dependent R-type calcium channel subunit alpha-1E peptide


分子量: 2630.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized (Genbank accession no. Q15878).
参照: UniProt: Q07652, UniProt: Q15878*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.86 %

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 12496

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 6.242 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26162 642 4.9 %RANDOM
Rwork0.20493 ---
obs0.20768 12496 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.193 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1291 0 14 138 1443
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0981.9711767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7775164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.40626.11172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.44415249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.035157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.2910
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0840.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.110.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6221.5838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02121289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1423537
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8744.5476
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 53 -
Rwork0.282 878 -
obs--98.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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