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万見
- PDB-2jzb: Solution structure of the complex between E.coli NusA-AR2 and RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jzb
タイトルSolution structure of the complex between E.coli NusA-AR2 and RNAP-aCTD
要素
  • DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
  • Transcription elongation protein nusA
キーワードTRANSFERASE/transcription / transcription / NusA / RNAP / helix-hairpin-helix / DNA-directed RNA polymerase / Nucleotidyltransferase / Transferase / RNA-binding / Stress response / Transcription antitermination / Transcription regulation / Transcription termination / TRANSFERASE-transcription COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / protein complex oligomerization / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex ...submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / protein complex oligomerization / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / DNA-templated transcription termination / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / ribosome biogenesis / response to heat / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / nucleotide binding / DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription termination factor NusA, C-terminal duplication / Transcription termination factor NusA / Transcription factor NusA, N-terminal / KH domain, NusA-like / NusA, N-terminal domain superfamily / NusA N-terminal domain / NusA-like KH domain / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Type-1 KH domain profile. ...Transcription termination factor NusA, C-terminal duplication / Transcription termination factor NusA / Transcription factor NusA, N-terminal / KH domain, NusA-like / NusA, N-terminal domain superfamily / NusA N-terminal domain / NusA-like KH domain / Transcription termination/antitermination protein NusA, bacterial / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Type-1 KH domain profile. / Helix-hairpin-helix domain / S1 domain profile. / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / DNA polymerase; domain 1 / K homology domain superfamily, prokaryotic type / K homology domain-like, alpha/beta / Nucleic acid-binding, OB-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / Transcription termination/antitermination protein NusA / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Prasch, S. / Schweimer, K. / Roesch, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: structural basis of transcription elongation control: the NusA-aCTD complex
著者: Prasch, S. / Schweimer, K. / Roesch, P.
履歴
登録2008年1月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: Transcription elongation protein nusA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9402
ポリマ－18,9402
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 240structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / Transcriptase subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha


分子量: 11116.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
遺伝子: rpoA / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A7Z4, UniProt: Q664U6*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 Transcription elongation protein nusA / N utilization substance protein A / L factor


分子量: 7823.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nusA / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFF6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HNCA
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1813D (H)CCH-TOCSY
1922D 1H-15N HSQC
11022D 1H-13C HSQC
11123D CBCA(CO)NH
11223D HN(CA)CB
11323D HNCA
11423D (H)CCH-TOCSY
11523D 1H-15N NOESY
11623D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] actd, 2.1 mM ar2, 10 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] ar2, 2.1 mM actd, 10 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMactd[U-98% 13C; U-98% 15N]1
2.1 mMar21
10 mMpotassium phosphate1
50 mMsodium chloride1
1 mMbeta-mercaptoethanol1
0.7 mMar2[U-98% 13C; U-98% 15N]2
2.1 mMactd2
10 mMpotassium phosphate2
50 mMsodium chloride2
1 mMbeta-mercaptoethanol2
試料状態pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 240 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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