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万見
- PDB-2jz3: SOCS box elonginBC ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jz3
タイトルSOCS box elonginBC ternary complex
要素
  • Suppressor of cytokine signaling 3
  • Transcription elongation factor B polypeptide 1
  • Transcription elongation factor B polypeptide 2
キーワードTRANSCRIPTION INHIBITOR/TRANSCRIPTION / socs proteins / elongins / cytokine signaling / Growth regulation / Phosphoprotein / SH2 domain / Signal transduction inhibitor / Ubl conjugation pathway / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / signaling protein / TRANSCRIPTION INHIBITOR-TRANSCRIPTION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Regulation of IFNG signaling / Formation of RNA Pol II elongation complex / PTK6 Activates STAT3 / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Interferon gamma signaling / Interleukin-6 signaling / Interferon alpha/beta signaling / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling ...TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Regulation of IFNG signaling / Formation of RNA Pol II elongation complex / PTK6 Activates STAT3 / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Interferon gamma signaling / Interleukin-6 signaling / Interferon alpha/beta signaling / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cellular response to interleukin-17 / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Neddylation / placenta blood vessel development / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / VCB complex / elongin complex / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein tyrosine kinase inhibitor activity / miRNA binding / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / phosphotyrosine residue binding / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / transcription corepressor binding / positive regulation of cell differentiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / negative regulation of inflammatory response / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic side of plasma membrane / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell differentiation / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / ubiquitin protein ligase binding / signal transduction / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Suppressor of cytokine signalling 3 / SOCS3, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A ...Suppressor of cytokine signalling 3 / SOCS3, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Suppressor of cytokine signaling 3 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Babon, J.J. / Sabo, J. / Soetopo, A. / Yao, S. / Bailey, M.F. / Zhang, J. / Nicola, N.A. / Norton, R.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The SOCS box domain of SOCS3: structure and interaction with the elonginBC-cullin5 ubiquitin ligase
著者: Babon, J.J. / Sabo, J.K. / Soetopo, A. / Yao, S. / Bailey, M.F. / Zhang, J.-G. / Nicola, N.A. / Norton, R.S.
履歴
登録2007年12月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of cytokine signaling 3
B: Transcription elongation factor B polypeptide 2
C: Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5643
ポリマ－28,5643
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Suppressor of cytokine signaling 3 / SOCS-3 / Cytokine-inducible SH2 protein 3 / CIS-3 / Protein EF-10


分子量: 4573.189 Da / 分子数: 1 / 断片: SOCS box, UNP residues 186-225 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O35718
#2: タンパク質 Transcription elongation factor B polypeptide 2 / elonginB / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Elongin-B / EloB / ...elonginB / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Transcription elongation factor B polypeptide 1 / elonginC / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Elongin-C / EloC / ...elonginC / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / Stromal membrane-associated protein SMAP1B homolog


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 17-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P83940

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1913D (H)CCH-TOCSY
11012D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] socs box; 1mM elonginB; 1mM elonginC; 50mM potassium chloride; 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMsocs box[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMelonginB1
1 mMelonginC1
50 mMpotassium chloride1
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker DMXBrukerDMX6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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