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万見
- PDB-2jyn: A novel solution NMR structure of protein yst0336 from Saccharomy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jyn
タイトルA novel solution NMR structure of protein yst0336 from Saccharomyces cerevisiae. Northeast Structural Genomics Consortium target YT51/Ontario Centre for Structural Proteomics target yst0336
要素UPF0368 protein YPL225W
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / novel fold / yst0336 / YT51 / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Cytoplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


yst0336 like fold / yst0336 like domain / Protein PBDC1, metazoa/fungi / Polysaccharide biosynthesis domain / PBDC1-like domain superfamily / PBDC1 protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein PBDC1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Wu, B. / Yee, A. / Fares, C. / Lemak, A. / Gutmanas, A. / Semest, A. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A novel solution NMR structure of protein yst0336 from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Wu, B. / Yee, A. / Fares, C. / Lemak, A. / Gutmanas, A. / Semest, A. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2007年12月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0368 protein YPL225W


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4691
ポリマ－17,4691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 UPF0368 protein YPL225W


分子量: 17468.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: YPL225W / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08971

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D HN(CO)CA
1513D HNCA
1613D C(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D CCH-TOCSY
11013D HBHA(CO)NH
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY
11323D 1H-13C NOESY
11413D 1H-13C NOESY aromatic
11532D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein yst0336, 10 mM [U-100% 2H] TRIS, 300 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 10 mM benzamidine, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein yst0336, 10 mM [U-100% 2H] TRIS, 300 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 10 mM benzamidine, 99.9% D2O99.9% D2O
30.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein yst0336, 10 mM [U-100% 2H] TRIS, 300 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 10 mM benzamidine, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMprotein yst0336[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMTRIS[U-100% 2H]1
300 mMsodium chloride1
0.01 %sodium azide1
10 mMbenzamidine1
0.5 mMprotein yst0336[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 mMTRIS[U-100% 2H]2
300 mMsodium chloride2
0.01 %sodium azide2
10 mMbenzamidine2
0.5 mMprotein yst0336[U-100% 13C; U-100% 15N]3
10 mMTRIS[U-100% 2H]3
300 mMsodium chloride3
0.01 %sodium azide3
10 mMbenzamidine3
試料状態イオン強度: 300 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.95Goddardデータ解析
Sparky3.95Goddardpeak picking
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelionenmr structure quality assessment
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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